Foro - Perl en Español

por **Alfumao** » 2012-02-07 06:02 @293

Muy buenas,

Resulta que tengo unas utilidades web que funcionan en Windows a las mil maravillas, pero resulta que el hosting que me dan es en Linux y he tenido que adaptar los cgi.

Después de romperme la cabeza con los permisos y demás requerimientos de Linux (con tanta parafernalia para hacer tan pocas cosas que en Windows se hacen con un clic, es desesperante trabajar con Linux, al menos hasta ahora) ahora resulta que hay varios programas clave que no funcionan (unos por la dificultad de hacerlos correr en Linux, donde solo hay medio millón de pegas al instalarlos y otros porque ahora funcionan diferente, el mismo programa funciona bien en Windows y mal en Linux...).

No entiendo cómo un script de Perl (en cgi) puede hacer su función completa (recuperar secuencias de un archivo FASTA y escribirlas en un fichero de texto) en Windows, y en Linux solo escribir la última (aparentemente las sobre-escribe y deja solo la última en vez de añadirlas todas, y no es porque haya cambiado el modo de escritura en el archivo de salida (es decir que la salida se abre en modo escribir y añadir ">>").

Básicamente el núcleo del programa es este (modificado de un diseño del propio explorer, con algunos añadidos para convertirlo en cgi) lo pongo con los comentarios que explorer hizo en su día en el programa.

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Using perl Syntax Highlighting

my $target1 = param('lista');
my $target2 = param('FASTA');
############UNTAINTING###################
for ( $target1, $target2 ) {
    if (/^([-\@\w.]+)$/) {
        $_ = $1;
    }
    else {
        die "Bad data in '$_'";
    }
}
 
##################SUBIDA 1####################################
my $lista = "$^T" . "$target1";
my $lightweight_fh;
my $io_handle;
my $bytesread;
 
$lightweight_fh = upload('lista');
 
if ( defined $lightweight_fh ) {
 
    $io_handle = $lightweight_fh->handle;
    open( OUTFILE1, '>>' . "/opt/lampp/htdocs/DB/Uploads/$lista" );
    binmode(OUTFILE1);
 
    chmod( 0666, "/opt/lampp/htdocs/DB/Uploads/$lista" );
 
    while ( $bytesread = $io_handle->read( my $buffer, 2048 ) ) {
        print OUTFILE1 $buffer;
    }
    close OUTFILE1;
 
}
##################SUBIDA 2####################################
my $FASTA = "$^T" . "$target2";
my $lightweight_fh2;
my $io_handle2;
my $bytesread2;
 
$lightweight_fh2 = upload('FASTA');
 
if ( defined $lightweight_fh2 ) {
 
    $io_handle2 = $lightweight_fh2->handle;
    open( OUTFILE2, '>>' . "/opt/lampp/htdocs/DB/Uploads/$FASTA" );
    binmode(OUTFILE2);
 
    chmod( 0666, "/opt/lampp/htdocs/DB/Uploads/$FASTA" );
 
    while ( $bytesread2 = $io_handle2->read( my $buffer, 2048 ) ) {
        print OUTFILE2 $buffer;
    }
    close OUTFILE2;
 
}
##################FIN SUBIDAS####################################
 
my $upload1 = "Uploads/$lista";
my $upload2 = "Uploads/$FASTA";
 
my %es_interesante;
 
open( INFILE, "$upload1" ) or die("Can't open list ERROR: $!\n");
 
while ( my $linea = <INFILE> ) {
    chomp $linea;
    $es_interesante{$linea} = 1;       # la almacenamos en la memoria asociativa
}                                      #Creamos un hash con las lineas=Headers como keys
close INFILE;
 
# Lectura del fichero FASTA
my $nombre_secuencia;                  # Guarda el nombre de cada secuencia
my $secuencia = '';                    # Contenido de la secuencia interesante
 
#Abrir salida
open SALIDA, '>>' . "/opt/lampp/htdocs/DB/Results/Extracted_$FASTA.txt" or die "ERROR: $!\n";
 
chmod( 0666, "/opt/lampp/htdocs/DB/Results/Extracted_$FASTA.txt" );
 
#Abrir secuencias FASTA DB
 
open( FASTA, '<' . "$upload2" ) or die("Can't open FASTA ERROR: $!\n");
 
while ( my $linea = <FASTA> ) {
 
    if ( $linea =~ /^>(\w+)/ ) {       # Comienzo de una secuencia nueva
 
        if ($secuencia) {              # Si tenemos una ya leída...
            procesar_secuencia( $nombre_secuencia, $secuencia );    # la procesamos
        }
 
        $nombre_secuencia = $1;        # Nombre de la secuencia extraída desde la exp. reg.
        $secuencia        = '';        # Reiniciamos nuestra secuencia a capturar
 
        next;                          # pasamos a la siguiente línea
    }
 
    if ( $es_interesante{$nombre_secuencia} ) {    # Si estamos en una secuencia interesante
        $secuencia .= $linea;          # la guardamos
    }
}
 
close FASTA;
close SALIDA;
 
if ($secuencia) {                      # Si aún queda alguna $secuencia por sacar
    procesar_secuencia( $nombre_secuencia, $secuencia );    # la procesamos
}
 
sub procesar_secuencia {
 
    my ( $nombre, $secuencia ) = @_;
 
    print "<br><b>>$nombre</b>\n<br>";
    print "$secuencia\n";
 
    print SALIDA ">$nombre \n";
    print SALIDA "$secuencia\n";
 
}
 
Coloreado en 0.007 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

¿Alguien me puede explicar por qué sobre-escribe el fichero salida y devuelve solo la última secuencia de la lista buscada, en vez de añadir cada secuencia nueva que encuentra y devolver todas las de la lista?

Gracias por vuestra atención.

PD. Sigo sin poder usar la tilde en Linux...

¿Los ficheros FASTA tienen los finales de línea correctos?

Es que no se me ocurre que más puede pasar... en el código no veo problemas, aparentemente.

P.D. Debes ir al panel de control de periféricos de entrada, buscar por el teclado, y seleccionar el tipo de teclado que estás usando. http://www.ubuntu-es.org/node/103779

por **Alfumao** » 2012-02-07 09:16 @427

El código es el mismo que en windows donde corre a las mil maravillas. Únicamente he modificado los permisos por si era eso lo que no dejaba que el programa hiciera su función...pero tampoco era eso.
La verdad que el Linux me consume, porque no para de dar pegas por tonterías, que son muy difíciles de encontrar para un novato en su manejo.

por **explorer** » 2012-02-07 09:31 @438

Yo no veo fallos, salvo el '>' extra de la línea 115, que deberías cambiarlo por un '>'. Si el código funcionaba bien en Windows, lo único que se me ocurre es que el resto de las condiciones han cambiado, como por ejemplo los caracteres de fin de línea de los archivos, que los tendrías en modo Windows, y ahora, los operadores diamante (<>) leen todo el fichero de golpe, y por eso solo aparece una secuencia.

Primero hay que averiguar cómo tienes esos finales de línea. O probar con

$/ = "\012";

Más información en la sección Newlines del documento perlport.

Y sobre Linux, tómatelo con tranquilidad. Al principio parece duro, porque hay que aprender cosas nuevas (miles de detalles, como en cualquier otro sistema informático), pero luego verás que es mucho más flexible, seguro y rápido.

por **Alfumao** » 2012-02-07 16:02 @710

Hola explorer,

Verás, lo de la línea 115 no es un símbolo de "mayor que", es porque el encabezamiento de cada secuencia en FASTA lleva este formato:

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Using text Syntax Highlighting

>Nombre_secuenciaColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

¿Quizá deba "escaparlo" ("\>"), para imprimirlo con print?

Respecto a lo que me dices del salto de línea, tendré que probarlo porque puede ser una solución interesante...

por **explorer** » 2012-02-07 18:19 @805

Sí, ya sabíamos que el '>' es para indicar comienzo de secuencia. Pero recuerda que estás imprimiendo código HTML de forma directa, y para el HTML, los símbolos '<', '>' y '&' (y algunos más) sí que son significativos (el '<' y el '>', por ejemplo, se pueden confundir con los que se usan para rodear las marcas HTML), así que si quieres poner un carácter de estos dentro de la página HTML, debes escribirlo como entidades HTML.

por **Alfumao** » 2012-02-08 06:08 @297

Ok, explorer, lo tendré en cuenta.

De todas maneras, la proteína que me imprime (como ya te dije, la última de la lista) me la imprime sin ninguno de los problemas que he comprobado tras tus dos últimas respuestas, es decir, que le imprime lo siguiente, tanto en la salida a la página HTML como en el archivo de texto de salida.

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Using text Syntax Highlighting

>Ag_2_136529

MRWLVTEYDDWKMLWVRGSAGTGKSAVAQSFADSCEEEGLFGASYFFSRTAEQRLAKDQILLRNSPPIQF RKLIVEPFATLQRERPRKPIIVILDGLDECAGEKAQREVLKMITNAIRTNPDIPLRWLIFSRPEAHLKNA FSLTSECGREELIIDTECRENVERYVKDRLIEIKATYNDMIPADWPPETKLQELLDVVSGLFIFASTCLN YIDDPEEADPISQLDSLLSFLHRSQGVVSRNPLAALDLLYSRILQDIPPLVFETTRKLLAFMCHRNKLDP QHRLVSAQALSNFLRLDQHAFYKAARGLYSAISVPEPGDAAETQLQFYHASFQDFLIDPHRSGKFVIGEY KALVIFLQLFIYWSEVDFTHFHTCDGKLYSGKI* Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Estoy alucinando pepinillos con lo que me acaba de pasar. He modificado la lista en Linux (usando gedit) con la intención de poner al final de la misma otra proteína y ver así si se sobrescriban o si solo reconocía la proteína extraída anteriormente, y ahora me pasa lo siguiente:

- Al modificar la lista con gedit, no me reconoce ya ninguna proteína de la lista.

- Si lo modifico con Libreoffice, ocurre lo mismo que con gedit.

- Pero de un archivo que modifiqué (ya no sé ni cómo), resulta que me extrae más de una proteína.

¿Puede haber un problema derivado del formato de salto de línea en Linux (como me comentó explorer ayer)?

Si es así, menudo problema, porque he pedido que me hagan un test desde un ordenador con Windows y la utilidad falla al extraer solo una secuencia. La mayoría de los usuarios de esta utilidad usarán Windows... así que todo mi trabajo se va a ir al garete si tengo que instalar esto en un servidor de Linux.

Me supera de largo tanta incompatibilidad y zarandajas. El Linux será muy "alternativo", pero da más problemas de los que he visto nunca en un ordenador... :cry:

por **explorer** » 2012-02-08 06:24 @308

Puedes probar a hacer esto:

Haz un mini-programa que lea uno de tus archivos, de forma correcta en Windows, y de forma incorrecta en Linux. Valdrá conque sea una copia de tu aplicación, al que le hayas quitado toda la parte de procesamiento, y dejes las líneas mínimas de lectura del archivo. Bastará conque sea capaz de identificar la cabecera y quedarse con las secuencias, metidas en un array, por ejemplo.

En el siguiente mensaje publicas el mini-programa, adjuntando el archivo problemático (con un par de secuencias, vale). Así podremos ver si es causa del programa y/o del archivo. Es importante que el archivo esté adjunto, no copiado y pegado dentro del texto del mensaje. Así se conservarán los caracteres originales de fin de línea.

En cuanto a Linux, decirte que yo lo uso desde 1995, y que no lo cambio por nada. De todas maneras, no te preocupes: siempre podrás dejarlo y volver a usar Windows (me parece que ahora las licencias son muy baratas, unos 23€

).

Y el problema de los finales de línea te volverá a aparecer si pasas la aplicación a Mac (o HPUX, Solaris, Android, IOs, etc, etc).

por **Alfumao** » 2012-02-09 06:25 @309

Antes de entrar en faena quiero hacer un par de aclaraciones sobre lo del Linux.

Yo sólo comento mi experiencia personal con ese S.O., que por otra parte vienen derivadas de su obligatoriedad de uso en un servidor donde me dan el hosting, y de la inmediatez con la que tengo que conseguirlo, de ahí mi angustia.

Creo que lo de cambiarse a Linux ha de ser una decisión personal y no una obligación.

Por otra parte, estoy de acuerdo que es un S.O. donde el usuario tiene mucho más control sobre lo que hace, pero el nuevo entorno gráfico engaña mucho sobre su facilidad de uso. No es un sistema para empezar a usarlo sin base previa.

Dicho esto, aquí va el programilla de Perl (ligeramente modificado del diseño original de explorer) que es la base del CGI que funciona en un S.O. y no en otro.

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
 
my %es_interesante;
 
# Lectura de la lista de secuencias
print "Enter your list name:\n";
my $entrada = <STDIN>;
 
open(SEQ,"$entrada") or die ("ERROR: $!\n");
 
while (my $linea = <SEQ>) {
    chomp $linea;
    $es_interesante{$linea} = 1; # la almacenamos en la memoria asociativa
}
close SEQ;
 
my $nombre_secuencia; # Guarda el nombre de cada secuencia
my $secuencia = ''; # Contenido de la secuencia interesante
 
#Abrir salida
open  SALIDA,'>secuencias.txt' or die "ERROR: $!\n";
 
## Lectura del fichero FASTA
print "Enter your genome FASTA name:\n";
my $genome = <STDIN>;
 
open(FASTA,"<$genome") or die ("ERROR: $!\n");
 
while (my $linea = <FASTA>) {
 
    if ($linea =~ /^>(\w+)\|*/) { # Comienzo de una secuencia nueva
 
        if ($secuencia) { # Si tenemos una ya leída...
            procesar_secuencia($nombre_secuencia, $secuencia);  # la procesamos
        }
 
        $nombre_secuencia = $1;  # Nombre de la secuencia extraída desde la exp. reg.
        $secuencia = ''; # Reiniciamos nuestra secuencia a capturar
 
        next; # pasamos a la siguiente línea
    }
 
    if ($es_interesante{$nombre_secuencia}) { # Si estamos en una secuencia interesante
        $secuencia .= $linea; # la guardamos
    }
}
 
close FASTA;
close SALIDA;
 
if ($secuencia) { # Si aún queda alguna $secuencia por sacar
    procesar_secuencia($nombre_secuencia, $secuencia); # la procesamos
}
  
sub procesar_secuencia {
    my ($nombre, $secuencia) = @_;
    print SALIDA ">$nombre \n $secuencia";
}
 
__END__
 
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Los archivos de "Listas" son los llamados _list.txt.
- El archivo Total list.txt (que es una corta y pega de las listas "creadas" en Windows y las creadas en Linux) no funciona en Windows.
- El archivo JGI_LO_list.txt fue creado en Linux.
- El archivo JGI_list2.txt fue creado en Windows.

Como sólo puedo poner 3 adjuntos, aquí os dejo las secuencias del FASTA para pasarlo a un .txt:

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Using text Syntax Highlighting

>Agabi_varbisH97_2_189137

MPRTLLSNSLDPHQFTAVADTLRGWLSQLHSPFACSVCGYLGNAFMSYRIDTKHFVCPYRTRDIFHEEEC CAMTD*

>Agabi_varbisH97_2_113535

MTPLAPNRRKLSAEQVEQSARDPTAALYDAVARSPPRPVEPLPTHIDISRTASPIPMAARFSDSHLPLDD SVVTTRWRVLLYLISTTALWVFGGIFFMLLGIGLTQVIIFPRIHTCPSSATCENSYDPNNGNSLQLLQSF MSYWLKAGLMIASVGILKLAAYQAWFILMHEGNTVKDLDLNLGAIRGSVTDAFFLLFRKHNRLLSIFVFA LLGVDTAISLIIGLSIDKQSGTKVVDFTYNATSRFPDSSLSHLNSDGQLKATQKSIIWALDGDKSHGGAL RGSLVVPGDRSIQATNALPAGPKISGRFECEGYSNYTFDPESSPLHQWYINVGDRQYIANAKMSLHVAMH VVDTAVTRYLWVSNTTGLIPNATATEDGGMHIAFCTHWVEMVPEEPKKAGYDYLNANAAFTSGCSDEAGS ETCVADSVNNAILNWWGGVGTAFWHISCRGGVLGPVPSRNDAERYCSLTQELWKETTIAMLDGITQTAPT SIPSSQKLQAGVEELNRQRWWLNAVIPAAIFVLYLVGLVYTSLRSQGNPAPKKLNLDEVVRAAQTDHIHD LILMGQLKKTPVRYHSQIGFVDSHNHSGT*

>Agabi_varbisH97_2_62215

MNFLSGNKNQNESQGTKKEGGGLMGKVNETLGGGQAGEKKEDPLDKGVDFVQQHLMGQGPQNNEGAAEQA KDETISDSIRKGYKGATGSDFPVADK*

>Agabi_varbisH97_2_136529

MRWLVTEYDDWKMLWVRGSAGTGKSAVAQSFADSCEEEGLFGASYFFSRTAEQRLAKDQILLRNSPPIQF RKLIVEPFATLQRERPRKPIIVILDGLDECAGEKAQREVLKMITNAIRTNPDIPLRWLIFSRPEAHLKNA FSLTSECGREELIIDTECRENVERYVKDRLIEIKATYNDMIPADWPPETKLQELLDVVSGLFIFASTCLN YIDDPEEADPISQLDSLLSFLHRSQGVVSRNPLAALDLLYSRILQDIPPLVFETTRKLLAFMCHRNKLDP QHRLVSAQALSNFLRLDQHAFYKAARGLYSAISVPEPGDAAETQLQFYHASFQDFLIDPHRSGKFVIGEY KALVIFLQLFIYWSEVDFTHFHTCDGKLYSGKI*

>Agabi_varbisH97_2_205367

MRQFIDKLTHLKPCTSPQASQIPPPPSSFTDEQDIFRYRKQRGVNLGSWFVLERWITDAPFRSAVQPAQS DLDVARGKDAKSILENHWNTWITEADWVWLKDHGFNAVRIPIGYYHLAGLDPSLLDGTDFHGLAGVFEHA WSKIKEAFELAYKYRIGILLDLHAAPGKQNADSHSGTSKSPPTLFSSKHNLRHTTHILSTLLIHLNTYLH STHSPPLPNLIGIELLNEPHPSSDKILQTWYLNTIHQLRSIDSRVPIYLGECWRLDSYSNWLVHNDRHME GGLTVLDHHLYRCFTSEDIHTPALSLSQAIDPATNGSTHQHFSSISQKLSNSGGSGLVVGEWSGALNPGS LSGSTTNGFNETKSYVDAQLRLYESQACAGWFFWTYKKGHPGDSGWSLRDAVKKGTFPHYVGIQSSSGRR MDGNEAAVVDAKLKTKAIALENHTSYWSQFRGSYNHSQFDEGYSEGWDTAFHFFNSSFHKNFDEGPKHSV NEPGFGSAWAKKHCSAEDRSKKSYWEYDHGFRQGIDGARGFLIDHLK*

>Agabi_varbisH97_2_80166

ANATDFKRFPFSNFTYCLTLFPKFFSSFPHGTCSLSVSRQYLALDGIYHPF*

>Agabi_varbisH97_2_181811

MATDASTTPFDSLSYQEHITQQQEATKTLENPDTVKKFIQECTKAGQAAVAVYENFTKVKNGFAELVNKY GNDFPDVGGKFVPKWDGFMAVSDFSLRYCPETNLLHTSVGTENQGSSDYDENLEIIADIKSTEDLKDAQD NLKQYVQKHPIRIATEVADGFKDLANDVQDFSKDFTKYVGEQNVQLTEDAERYEGEIEKFQKEITELNEK MKKAGISFGVTAIFLIFALIPAGFLIKYALDRDKAQAKLDKAKADLAQTVRKQKALAAMQADFEGLKPSI DDICQKLGIFAYIWAFATEQSTEINVALNGGMEVTNRKKFQVKLRFLRAQIKPLQEGMRQYATQISKSK*

>Agabi_varbisH97_2_118433

MPFWNNAQGRHTIRLLRDFDDTVFMKAHEGALLAEDERKIDAATRSFSNARDFTITGGQFIDAGGVNEIN NSYITNVISSGRAVFELLEPYACLEATKDSSARHPPPRCHPGTRLRIQDRLTQWLFNESDERKMLWVRGF AGTGKSAVAQSFGDFCSDAKRHGASYFFSRTTSRNKLDTVVPTIVYQLAITVPGYRPLIEHRLADDPLLL RNSPEVQFRKLIVEPFVTLLHQRPSQSFVIILDGLDECDGEDPQLRILDMINHMMRTNPNLPLRWLIFSR PEAHLKDAFFDLTNCGREELILDAECRDDVERYTREHISRIKHKLRKFVPADWPPEEQMRELLNAVSGLF VLASTCLNYIGDPSEADPRSRLDALLIFMHRSQENVSMNPLAALDLFYSRILEGIPSAIFKTTTRILAHT SYKSQFYELKRLHSAQALCNFLRIDQVAFYKAVRGLHAVMSIPEPEDAAISQLQFHHTSFQDFLLDPNRS GKFVIRKHEALLDIVQSGIYWYEVDVIHFHPCIGWDSELGHKHDSLPGLTWVSKDTRSLLSESITRFLQW GLFNRDFDMVLDGVDEGLLSQLFNIDFRYWQAHNVLNLAIICRLDPLTSLVRTEPSGAMDRQLLEYLNLV IGNGIAKPATFPLRRDLPDGQWIRNYFIIGHGIKSVIVWTTKSPFTRGRVTCSLRSDKEPSDAQISRYQE YLRKFGWDEEKAKLEMK*

>Agabi_varbisH97_2_71341

MCGAIVTSPFDVVKTRLQSSLFREGHTAVGVFSSGGGGGGAVLHAAPRHSGLLWNFVETGHILRDIYRDE SPRALFKGLGPTLVGVIPARSINFFTYGNGKVVIANVFNEGRENSLVHLTAAAFAGIVTGTATNPIWVVK TRMQLSASRFVDNVPKVRQSGIGGSWLCIQKILREEGVKGFYKGLSASYLGVTEGTIQWVLYERLKKLTA ENQNKGGLMEWFGMLGSAGTAKCVASLASYPHEVLRTRLRQPSVNGVVKYTGLWQTLKLVIAEEGVRSLY GGLSAHLMRVVPNAAVMFFIYEGILRW*

>Agabi_varbisH97_2_194831

MSSTPQPSSPMALSKPSFLRKRKSQSLATTMPSAASYLSALSQADARARSHHHPHVRSPSSTPALSISSS LTASSDETAFNEDDDNTDGLSLPTRPPTSEQVFSTVHTEFGHCADGRYRLTSAHVAGTEVPAHVEHDPPY YILFSTYISYLILICLGHVRDFVGKRFYPSAYTHLIPKDGYAPLNSDFDSFYTRRLKTRLDECFSQPTTG VAGRTIVLLDRASPDYNHTQYFTGNRTRALNISSYNYLGFAQARGGCADAVEESIKRYGISTCGTRLAGG TSDLHSIGEALVAKFVGMEDALISSMGFATNSTFIPALVGKGCLVISDELNHASIRFGVRLSGANVRMFK HNDMKSLESLLREVISQGQPKTHRPWKKILLIVEGLYSMEGTMVNLPAVMELKKKYKFYLFVDEAHSIGA LGPNGRGVADYFGINPRSIDILMGTFTKSFGAAGGYIAGNKQLIDRMRLHGHAGAYAESMTPAVLTQVIA SMASIMGLALPPMLPSSSATTLRLSSANSTSMEEEYSHPGPVPPTALPSWLTLPPALASGAEGSNRLRRL AFNSRYLHNGLDKLGFITYGHPSSPIVPLLLFNPGKMNMFHRMMKDRQTPIVVVVVAYPATPLVTSRVRF CVSAAHTKEDVDTVLRACDEIGDILDLKHGVKKSERWGVDEICERAVEIAGM*

>Agabi_varbisH97_2_121121

MTTYPPLPTNESRSLPQYGFGPDNKFQSLLLENPFLFRIYTPKERSPFFDDTDPYFLAPKFNAQCVRSPV ELEDHQRLIDEWKVSHSDVAKHMDWTTRAASPFISTSFSFAWCIWYASRRFHQGVKTDVQVAVIDARALS DRARTAVELLEASSSSERSKEYPKWHRFSQESQSVLVYGSIPGTAVLASIPLLAILRHLPSYFLQPDYRS VETENPLIRLGWDYKEKKSSYRRFCRNMSSQFFAMNTEERLADVTAGSLALGLAFLRPWFHSTIDKEDDL GVQTLVNLALIIARWPSQSWVQERPEIYDLISAMASTLSRELREKHELQVKDEVSRLQGVVNELHEVVRD YEVKFSSLGKRPKTSHHKRPVPRLVINSPVLSPPTNTVSLPSTPTSPISDPKVLTPPTPPDTPKSSTFST SRRPAPASSNWPTIGLDNEVGSLPTRGAEKALVSAPGTPTPFSAAAVTPINAIANQSFPLHSMDDASSSP SNVFSARLKSAATALTPPLLRSQSHTPSSGLSDIRPEEIPLPLTPPQHSPIRSGYASHRASSSFSSWTMV ESDDDDDDDDGGDRDDDTQVDEDASYRKDLGDSITTLRDSVESRSGSPTLVFAPLPKVQEVPEYIPPRPR SGIFAEPLEFDYTLADLDEEYIYRRPPGRFETAGCIIAGFLVGAFATMALLAPHRRMIVHLT*  Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Ojalá podamos solventar el problema...

por **explorer** » 2012-02-09 16:09 @714

Una lástima que no hayas podido adjuntar el fichero original fasta. Inténtalo en el siguiente mensaje.

De los ficheros que has adjuntado:

Total\ List.txt tiene finales de línea CRLF, excepto la última línea (que no tiene nada), y además, viene con un BOM 0xef 0xbb 0xbf, indicando que está codificado en formato UTF-8
JGI_LO_list.txt tiene finales de línea CRLF, en todas las líneas, y también viene con el mismo BOM
JGI_list2.txt tiene finales de línea CRLF, excepto la última línea (que no tiene nada), y no tiene BOM

En fin... un lío tremendo...

Estoy mirando cómo solventarlo...

Ejemplo de volcado hexadecimal:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

explorer@casa:~/Documentos/Desarrollo/alfumao> hexdump -C Total\ List.txt

00000000  ef bb bf 41 67 61 62 69  5f 76 61 72 62 69 73 48  |...Agabi_varbisH|

00000010  39 37 5f 32 5f 31 38 39  31 33 37 0d 0a 41 67 61  |97_2_189137..Aga|

00000020  62 69 5f 76 61 72 62 69  73 48 39 37 5f 32 5f 31  |bi_varbisH97_2_1|

00000030  31 33 35 33 35 0d 0a 41  67 61 62 69 5f 76 61 72  |13535..Agabi_var|

00000040  62 69 73 48 39 37 5f 32  5f 36 32 32 31 35 0d 0a  |bisH97_2_62215..|

00000050  41 67 61 62 69 5f 76 61  72 62 69 73 48 39 37 5f  |Agabi_varbisH97_|

00000060  32 5f 38 30 31 36 36 0d  0a 41 67 61 62 69 5f 76  |2_80166..Agabi_v|

00000070  61 72 62 69 73 48 39 37  5f 32 5f 31 38 31 38 31  |arbisH97_2_18181|

00000080  31 0d 0a 41 67 61 62 69  5f 76 61 72 62 69 73 48  |1..Agabi_varbisH|

00000090  39 37 5f 32 5f 32 30 35  33 36 37 0d 0a 41 67 61  |97_2_205367..Aga|

000000a0  62 69 5f 76 61 72 62 69  73 48 39 37 5f 32 5f 31  |bi_varbisH97_2_1|

000000b0  33 36 35 32 39 0d 0a 41  67 61 62 69 5f 76 61 72  |36529..Agabi_var|

000000c0  62 69 73 48 39 37 5f 32  5f 35 39 32 39 38 0d 0a  |bisH97_2_59298..|

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Problemas y problemas con Linux y CGI

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