Foro - Perl en Español

Buenas, este es el ejercicio que nos han mandado:

Previamente es necesario estudiar los temas de "Entrada y salida en archivos" y "procesamiento básico de textos".
Posteriormente hay que copiar los cuatro archivos que están en: http://bip.weizmann.ac.il/course/prog/a ... 4_sources/ y que corresponden a la descripción textual de un gen, presentes en la base de datos UniGene.

El objetivo de la práctica es:
Escribir un programa que reciba el nombre del gen, abra el archivo correspondiente, extraiga el listado de los tejidos en los que el gen aparece ("se expresa") y lo guarde en un archivo cuyo nombre será el nombre del gen y la extensión "express".

El formato del archivo de salida será el siguiente (ejemplo para el gen TGM1):



El programa tendrá que ejecutarse cuatro veces, una por gen ('ADH2', 'CEACAM4', 'TGM1', 'GLDC'), de forma que al final obtengamos cuatro archivos de salida con extensión "express".

Tened en cuenta que:
1) La lista de tejidos aparece después de la palabra clave 'EXPRESS'.
2) Numerar los tejidos a partir del 1 y que no hay asignaciones vacías en la lista de tejidos.
3) Utilizar las funciones "substring" y "split".

El problema que tengo, es que no sé por dónde empezar, y tengo que entregarlo mañana.
¡Espero que alguien pueda ayudarme!
Un saludo, y gracias por antelación!

A ver el ejercicio lo hice de la siguiente manera:

use warnings;
use strict;

my $gen;
my $nuevo;
my $ext;

print "\nIntroduzca el nombre del fichero\n\n";
$gen=<STDIN>;

print "\nHa escogido usted el gen $gen\n";
print "\nLo seleccionado será escrito en un archivo. Indique la extensión\n\n";

$ext=<STDIN>;

my $letras;

print "\nAhora diga las dos primeras letras que desee buscar por el archivo\n\n";


open (MANEJ,"$gen") || die "no se puede abrir el archivo: $!";
open (RESULT,">organos-$gen.$ext") || die "no se puede abrir el archivo: $!";

$letras=<STDIN>;
chomp ($letras);

my @tex_gen = <MANEJ>;

my $linea;
my @tejidos;
my $dos;
my $tejidos;

foreach $linea (@tex_gen) {
chomp ($linea);

$dos = substr ($linea,0,2);

if ($dos eq $letras) {
push (@tejidos, $linea);
@tejidos = split(/ /, $linea);
}
}

my $sobra;
my $tejido;

$sobra = shift (@tejidos);

my $opcion;
my $contador1;

$contador1 = 0;

print RESULT "\nEstos son los tejidos en los que se expresa el gen $gen:\n";

foreach $tejido (@tejidos) {
$contador1++;

print RESULT "\t organo $contador1:$tejido\n";
}

close (MANEJ);
close (RESULT);

Pero debe de haber algún error, porque al ejecutarlo me da que existe un error.

Luego, pues lo volví a hacer y pensé que esta vez saldría, y tampoco se ejecuta. El programa es el siguiente:

use strict;
use warnings;

my ($gen, $resultado, $line, $exp);

$gen = "adh2.txt";
$resultado = "express.txt";

open (SOURCE, $gen) || die "cannot open \"$gen\": $!";
open (RESULT, ">$resultado") || die "cannot open \"$resultado\": $!";

while ($line = <SOURCE>) {
my $variable = substr ($line, 0, 2);
my $value = substr ($line, 5);

if($variable eq "EXP") {
$exp = $value;
}
}

$string = "adh2.txt"
@genes = split (/::/, $string);

my $i;
foreach $i (0 .. $#genes) {
print "$i. $genes[$i]\n";
}

close (SOURCE);
close (RESULT);

Y, bueno, repetir esto las siguientes tres veces restantes en el mismo programa, pero si no es capaz de ejecutarse uno, pues para qué iba a seguir.

Intentando hacer este ejercicio "a mi manera"

He llegado a un punto muerto. No sé muy bien cómo utilizar la función split() ni como quitar los ';' que separan los tejidos.

Sé que para reconocer la palabra express debo usar =~ pero no cómo cortar e imprimir.

Tengo esto:

Claro que he repetido lo mismo 4 veces, pero cada una de las veces es para un gen. Hasta aquí bien, todo funciona, lo que no sé es cómo seguir.

¿Cómo hago para no repetirlo varias veces?