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El formato del result1 (y el del resto de archivos result$contador) debería ser tripletes separados por espacios (en realidad lo de los ":" era para separarlos con la función split() y crear espacios entre cada triplete). Hemos conseguido que salga con este formato (con tripletes separados por espacios), pero ahora salen los tripletes distintos o descolocados respecto a como están en el archivo espermatozoide$contador.

El código es que hemos utilizado es el siguiente (reiniciando el @codones fuera del while):

Mi último programa funciona separando los tripletes con espacios y ya sin acumular (con acumular me refería a que los archivos 2 contenían lo del 1 y lo del 2, el 3 contenía lo que tenía el espermatozoide 1, el 2 y el 3, y así....), lo que pasa es que los tripletes salen desordenados respecto a como estaban en espermatozoide$contador.

De todos modos, ese problema ya lo tenemos solucionado (ese programa nos funciona).

Ahora lo que nos urge es saber cómo identificar secuencias determinadas de tripletes para adjudicarles un nuevo nombre de aminoácido (según sea la secuencia de tripletes, será un aminoácido u otro). El problema es que no sabemos cómo poner los espacios entre triplete y triplete a la hora de identificar si contiene el archivo esa secuencia determinada.

Lo que hemos hecho es: if ($i =~ /CAG TTA/) {print RE2 "contiene alanina"}

Hola de nuevo.

Al intentar imprimir en un archivo resultadofinal$contador (correspondiente a los respectivos archivos result$contador) los aminoácidos que contiene cada result$contador según los tripletes que tenga, he desarrollado el siguiente código, pero sólo se me ejecuta la primera parte (imprime "hecho" en el terminal y ni siquiera se crea otro archivo resultadofinal$contador.txt, y en otro de mis múltiples intentos, una vez se creó el archivo pero sin imprimir nada dentro, cuando deberían estar los aminoácidos.

Gracias.

Perdón, me confundí de código. El código que tengo para este problema es este. La duda que tengo es como representar el "espacio en blanco" en if ($linea2 =~ "CTA TGA") pues si pongo solo CTA me devuelve el resultado positivo, pero si hay espacio en medio no, y sí que hay en el archivo de texto.

$contador = 0;
@codones = ();
while ($contador < 20){
$contador += 1;
$espermatozoide = "espermatozoide$contador.txt";
open (FH, "$espermatozoide") or die "No se puede abrir";
open (FH2, " > result$contador.txt");
while ( $linea = <FH> ){
$codon = substr ($linea, 0, 3);
push (@codones, $codon);
print FH2 "@codones ";
}
@codones = ();
}
print "Hecho\n";
close (FH);
close (FH2);
$contador2 = 0;
while ($contador2 < 20) {
$contador2 += 1;
$result = "result$contador.txt";
open (FH2, "$result") or die "No se pudo abrir el archivo";
open (FH3, " > aminoacidos$contador2.txt");
while ($linea2 = <FH2>) {
if ($linea2 =~ "CTT TGA") {
print FH3 "Tenemos Alanina\n";
}
}
}
close (FH2);
close (FH3);

He probado de ambas formas y sigue sin funcionarme. En los archivos aminoacido$contador2 correspondientes al filehandle FH3 no se me guarda nada en ninguno de los 20 y al menos en el 1, hay una secuencia 'CTT TGA'.

Si ninguna de tus formas funciona, ¿cómo hago para que me reconozca el if() una porción de texto separada por espacios?