Foro - Perl en Español

por **Alfumao** » 2012-06-12 07:44 @364

Pues no me funciona con el archivo pequeño tampoco... Ni cambiándolo a .txt. Pero no me da errores tampoco.
Vaya lío... A ver cómo se puede hacer para manejar archivos así de grandes.

Si ni siquiera eres capaz de que lea ese trozo de archivo, entonces la cosa es muy grave.

En los informes de errores dice que Tie::File tiene problemas con Perl v5.10. Yo he hecho las pruebas con Perl v5.14.2 y funciona muy bien.

Publica el código que estás probando ahora... a ver si es que hay algo suelto...

por **Alfumao** » 2012-06-13 01:54 @121

Ya te digo yo que es muy grave...la version de Perl es 5.8.8

De todas formas te pongo el código para que le eches un vistazo.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!usr/bin/perl -w
use Tie::File;
use strict;
#usage bismatic.pl [full dir path] [genome folder path]
 
my$path= shift @ARGV;
print "$path\n";
chdir $path or die "ERROR: Unable to enter $path: $!\n";
opendir (TEMP , ".");
my @files = readdir (TEMP);
closedir TEMP;
print"@files\n";
 
for my $file (glob("*.txt")) {
#for my $file (@files) {
   
#if($file=~/(\w+)\.fastq/){
   print"This is $file processing...\n";
   
tie my @lineas, 'Tie::File', '$file';  # consideramos el archivo como un array
print "Líneas: ", scalar(@lineas), "\n";
 
for (my $i = 0; $i < @lineas; $i++) {   # recorremos todas las líneas
   if ($lineas[$i] =~ /^@/) {           # detectado comienzo de secuencia
      if ($lineas[$i+3] !~ /^#/) {      # detectada mala calidad en la cuarta línea
          splice @lineas, $i, 4;          # rebanamos las 4 líneas
          redo;                         # reinicimos el bucle, en la posición $i
      }
      }
}
 
untie @lineas;
print"$file untied\n";
}
#}
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2012-06-13 02:27 @144

Normal que no te funcione... te he dicho TRES VECES que quites las comillas simples de la línea 20, alrededor de $file... y no lo haces... Tú verás...

¿Es que no ves la diferencia en estas tres líneas

my $valor = $file;
my $valor = "$file";
my $valor = '$file';

?

por **Alfumao** » 2012-06-13 02:42 @154

Lo siento, explorer, al tener que copiar el archivo en dos sitios diferentes cada vez que lo modifico (local y servidor remoto), las quité y guardé en local (Windows) y luego seguí trabajando en el servidor (Linux) con el archivo que no las había quitado y continué haciendo los otros cambios en ese... Lo siento de verás.

:oops:

Una preguntita sobre la velocidad, ¿es normal que para hacer el procesado de un fichero de 0,86 Gb lleve más de 2 horas y subiendo?

por **explorer** » 2012-06-13 04:51 @243

Tranquilo, que nos pasa a todos...

Precisamente lo que comentas es un problema grave, lo de desarrollar en un sitio y tener el lugar de producción en otro. Si los dos escenarios son distintos, tienes que acordarte de hacer los cambios... Codificación, rutas de los archivos, las comillas en las líneas de comando, señales de parada, diferentes formas de acceso al sistema operativo...

Una solución en tu caso es la de instalar una máquina virtual Linux en tu Windows. Con VirtualBox y una distribución Linux lo tendrías resuelto en menos de una hora.

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