Lo siento fue mi culpa no se supe explicar, haber intento de nuevo:
Tengo los perfiles de expresión de un Control(C), un experimento 1 (T1) y un segundo experimento (T2),
Using text Syntax Highlighting
ID C T1 T2
Pps1_1 10 15 45
Coloreado en 0.000 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
El "C" tiene una expresión de 10 lecturas para el gen Pps1_1, en el primer experimento tiene 15 lecturas ese mismo gen;
* Numéricamente es diferente, pero biológicamente no, porque para que esté Sobrexpresado tiene que estar 2.5 VECES más, o sea el T1 tendría que tener 26 lecturas. Si está dentro del rango entre -25..0..25 lecturas ese gen se mantiene igual o sin cambios.
* Sin embargo, en el T2 como tiene 45 lecturas, sí está Sobrexpresado, porque esta fuera del rango de 26 lecturas.
Ahora, como podrás inducir, estoy comparando C_vs_T1, C_vs_T2 y T1_vs_T2, con la misma lógica. Hummm, intenté hacer algo como lo que me propones pero no resulta del todo:
Using perl Syntax Highlighting
open( SALIDA_A, ">Resprimido_C_vs_T1.txt" );
open( SALIDA_B, ">Sobrexpresado_C_vs_T1.txt" );
open( SALIDA_C, ">Igual_C_vs_T1.txt" );
open( ARCHIVO_A, $ARGV[0] );
while ( $linea1 = <ARCHIVO_A> ) {
( $id, $control, $T1, $T2 ) = split /\t/, $linea1;
if ( $T1 > ( $control * 2 ) ) {
print SALIDA_B "$id_1\n";
}
elsif ( $T1 < ( $control * 2 ) ) {
print SALIDA_A "$id\n";
}
else {
print SALIDA_C "$id\n";
}
}
Coloreado en 0.001 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
Ojalá esta vez me haya explicado mejor, una disculpa por no hacerlo desde el inicio.
Gracias explorer, espero tu respuesta.
