Bienvenido a los foros de Perl en Español, jorzuniga.
Es muy posible que el problema esté en que el comodín '\w' no sea capaz de identificar la 'ñ' porque el texto extraído del PDF no esté en la misma codificación que lo que espera el programa.
Perl, por defecto, usa la codificación ISO-8859-1, pero esa 'ñ' (y todo el resto del texto) pueden estar en ISO-8859-15 o UTF-8, con lo que la idea que tiene '\w' de caracteres que forman una palabra no incluye a los bytes que forman la 'ñ', y por lo tanto la expresión regular fallará y seguirá el while con la siguiente línea.
En la línea 19 le estás pidiendo a Perl que convierta la representación interna de los caracteres almacenados en @t, a UTF-8... pero lo que no sabemos es qué contienen esos caracteres (en qué codificación están, quiero decir).
Así que lo primero que hay que averiguar es en qué codificación estamos consiguiendo el texto.
Un detalle: estás usando el método getPageText() del módulo
CAM::PDF, y no el render() del módulo
CAM::PDF::PageText. Eso también podría marcar la diferencia a la hora de obtener el texto.