Foro - Perl en Español

Bienvenido a los foros de Perl en Español, Berin.

La idea sería

• abrir y leer la secuencia donde vamos a buscar los genes y guardarlo en una variable escalar
• abrir y leer por secuencias las que queremos buscar
• para cada una de ellas, usamos la función index() para localizar la posición inicial
• la posición final es igual a la posición inicial más la longitud de la secuencia que estamos buscando

¿Sabemos si las secuencias a buscar se pueden repetir dentro de la secuencia principal? En ese caso hay que repetir la búsqueda hasta que index() devuelva un -1, indicando que no ha encontrado ninguna más.

Por estos foros hay cuestiones parecidas, con código que puedes examinar.

Bueno, pues a lo comentado antes habría que agregar un nuevo punto que sería repetir la búsqueda de la secuencia pero a lo largo de la complementaria.

La complementaria se podría crear al principio, pues solo es necesario hacerlo una vez.

Por estos foros tienes todas las piezas necesarias para crear el programa. Por ejemplo, para calcular la complementaria:

($complementaria = $secuencia) =~ tr/ATCG/TAGC/;