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Blast remoto

Perl aplicado a la bioinformática

Blast remoto

Notapor Diego3D » 2012-11-01 23:30 @020

Hola a todos :)

He estado trabajando con blast de forma remota para anotar genes y todo funciona bien, pero cuando le mando un archivo con muchas proteínas me genera un archivo por cada resultado, por lo que se me generan demasiados archivos en el ordenador, yo sólo necesito un sólo archivo donde se almacenen todos los blastreport. ¿Se puede de alguna forma?

Ocupo la función blastreport->save_output($filename), que es la que está referenciada en la Wiki de BioPerl.

De antemano, gracias :D
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Re: Blast remoto

Notapor explorer » 2012-11-02 07:46 @365

No sé si Blast tiene esa opción, pero, podrías reunir todos los informes en uno solo, con unas pocas líneas más de programa.

Bueno, unas cuantas: leer los informes, agruparlos en memoria, sacar el resultado final, y borrar los informes iniciales.
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Re: Blast remoto

Notapor Alfumao » 2013-03-04 09:18 @429

Yo en su día me topé con ese problema y lo que hice fue juntar todos los archivos de resultados y después analizarlos todos del archivo global que había generado.

Si estás en Linux es facilísimo unirlos:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using bash Syntax Highlighting
  1. cat /ruta_a_resultados/*.out > /ruta_de_salida/Resultados_globales.out
Coloreado en 0.003 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


Espero que te sirva la idea ;)
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