Foro - Perl en Español

Mi problema resulta al descargar un programa para alineamientos el cual es un binario de UNIX, me descarga un archivo .tgz al descomprimir aparecen cuatro archivos ejecutables de UNIX al tratar de abrirlos en la terminal 2 de ellos indican (cannot execute binary file), el tercero (SX_i386
Reason: image not found
Trace/BPT trap: 5) y finalmente uno me muestra en parte lo que quiero del programa pero de inmediato marca logout sin permitirme seleccionar la herramienta de interés.

Quisiera saber qué debo hacer para instalarlos y ejecutarlos.
SALUDOS.

Aunque esta no es una pregunta sobre Perl, la intentaré responder.

Yo también me he bajado SMALT desde su página oficial, la última versión. Efectivamente, dentro del paquete tgz hay cuatro ejecutables. Cada uno de ellos es para una plataforma distinta: Intel i686, Intel 64bits, y dos versiones más para el sistema operativo Mac OS X.

Debes usar solo aquella versión que sea compatible con tu hardware y sistema operativo. En mi caso, es smalt_x86_64

Si lo ejecuto desde la línea de comandos, sale:

Código: Seleccionar todo

$ ./smalt_x86_64

              SMALT - Sequence Mapping and Alignment Tool
                             (version: 0.7.4)
SYNOPSIS:
    smalt <task> [TASK_OPTIONS] [<index_name> <file_name_A> [<file_name_B>]]

Available tasks:
    smalt check   - checks FASTA/FASTQ input
    smalt help    - prints a brief summary of this software
    smalt index   - builds an index of k-mer words for the reference
    smalt map     - maps single or paired reads onto the reference
    smalt sample  - sample insert sizes for paired reads
    smalt version - prints version information

Help on individual tasks:
    smalt <task> -H


Aparte, viene una página de manual, en formato UNIX (smalt.1) y en PDF (smalt_manual.pdf)), así que allí viene descrito las distintas opciones que puedo pasarle al programa. Ejemplo:

Código: Seleccionar todo

> ./smalt_x86_64 version

              SMALT - Sequence Mapping and Alignment Tool
Version: 0.7.4
Date:    10-04-2013
Author:  Hannes Ponstingl ([email protected])

Copyright (C) 2010 - 2013 Genome Research Ltd.


Esto es cierto, aunque mi problema continua ya que si ejecuto directamente smalt_Macosx_I686_64bit lo que ocurre es lo siguiente:

Código: Seleccionar todo

$ /Users/ricardosanchezrodriguez/Desktop/smalt-0.7.4/smalt_MacOSX_i686_64bit ; exit;

              SMALT - Sequence Mapping and Alignment Tool
                             (version: 0.7.4)
SYNOPSIS:
    smalt <task> [TASK_OPTIONS] [<index_name> <file_name_A> [<file_name_B>]]

Available tasks:
    smalt check   - checks FASTA/FASTQ input
    smalt help    - prints a brief summary of this software
    smalt index   - builds an index of k-mer words for the reference
    smalt map     - maps single or paired reads onto the reference
    smalt sample  - sample insert sizes for paired reads
    smalt version - prints version information

Help on individual tasks:
    smalt <task> -H

logout

[Proceso completado]

Si lo ejecuto desde la línea de comandos mi resultado es:

Código: Seleccionar todo

 SMALT - Sequence Mapping and Alignment Tool
                             (version: 0.7.4)
SYNOPSIS:
    smalt <task> [TASK_OPTIONS] [<index_name> <file_name_A> [<file_name_B>]]

Available tasks:
    smalt check   - checks FASTA/FASTQ input
    smalt help    - prints a brief summary of this software
    smalt index   - builds an index of k-mer words for the reference
    smalt map     - maps single or paired reads onto the reference
    smalt sample  - sample insert sizes for paired reads
    smalt version - prints version information

Help on individual tasks:
    smalt <task> -H

MacBook-Pro-de-Ricardo:smalt-0.7.4 ricardosanchezrodriguez$

Sin embargo al introducir los task ejemplo smalt check -H no me lo ejecuta y me envía un mensaje así:

Código: Seleccionar todo

$ smalt check -H
-bash: smalt: command not found

Finalmente, si quiero ejecutar cualquiera de los otros ese UNIX que trae el .tgz me envía el siguiente error

Código: Seleccionar todo

$./smalt_x86_64
-bash: ./smalt_x86_64: cannot execute binary file

Alguien me mencionó que posiblemente es problema del $PATH aunque en realidad no tengo ni idea de cómo hacerlo para que funcione de forma adecuada este software, espero me puedan ayudar.

Repito: de los cuatro ejecutables, solo puedes usar el que corresponda a tu arquitectura y sistema operativo. Si no, te saldrá el aviso de "cannot execute binary file".

De lo que muestras, parece que el que te funciona es el del Mac OS X de 64bit. Pues entonces usa ese.

El porqué hace un logout cuando lo ejecutas, es porque has escrito un comando exit al final de la línea. Eso lo que hace es terminar la sesión actual. Solución: No lo escribas.

El mensaje de "smalt: command not found" es correcto: el sistema operativo no sabe dónde está el comando smalt. En realidad, se llama smalt_MacOSX_i686_64bit. Sí, queda muy largo, pero es ese. Si quieres, lo renombras a solo smalt, con el comando mv:

Código: Seleccionar todo

$ mv smalt_MacOSX_i686_64bit smalt

Si quieres ejecutar el comando desde un directorio que no sea en donde reside el propio comando smalt, debes modificar el $PATH para que el shell pueda encontrarlo. Supongamos que el comando lo tienes en la ruta /Users/ricardosanchezrodriguez/Desktop/smalt-0.7.4/. Entonces, en la línea de comandos ejecutarás esta orden:

Código: Seleccionar todo

$ export PATH=$PATH:/Users/ricardosanchezrodriguez/Desktop/smalt-0.7.4/

y partir de ese momento, ya podrás ejecutar smalt_MacOSX_i686_64bit desde cualquier parte:

Código: Seleccionar todo

$ smalt version

Como es muy latoso el tener que escribir el export cada vez que entras al sistema, lo mejor es buscar algún archivo llamado .bashrc dentro del directorio raíz (/Users/ricardosanchezrodriguez) y le añades esa línea. Así se ejecutará cada vez que entres al sistema.