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bioinfo: Multicore con threads y Thread::Queue

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: Multicore con threads y Thread::Queue

Notapor explorer » 2013-05-18 11:31 @521

«Yo me he encontrado múltiples veces con este problema, por ejemplo procesando ficheros de genomas de Uniprot, que pueden tener ~ 30GB en sus casos más extremos. En estos casos, al utilizar los módulos threads y threads::shared, normalmente lo que ocurre es que la memoria se va llenando mientras avanza el trabajo de las threads, y como resultado final el sistema operativo termina matando al proceso porque ocupa toda la RAM. He encontrado, mezclando código de varias personas, una forma de resolver este asunto utilizando estos módulos, y sin depender de la RAM disponible, combinando el uso de threads y threads::shared con Thread::Queue. De hecho, lo que se hace es generar una cola (en este caso una FIFO) en la cual un número predeterminado de 'worker threads' vayan sacando trabajo mientras vayan terminando.»

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