Foro - Perl en Español

por **Vozka** » 2013-10-16 03:13 @175

Muy buenas, compañeros...

He estado intentando substraer un string de uno bastante mayor mediante expresiones regulares. Únicamente he conseguido contar cuántas veces aparece éste, pero no consigo hacer algo así como pushearlo dentro de un array...

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Using perl Syntax Highlighting

if (($tmp[4]=~m/\+[0-9]*/)||($tmp[4]=~m/\-[0-9]*/)){    
        $countinsertion =()= $tmp[4] =~ m/\+[0-9]*/g;
        $countdeletion =()= $tmp[4] =~ m/\-[0-9]*/g;    
}
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Sería genial si pudiese implementar la función del

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Using bash Syntax Highlighting

grep -o '+[1-9]*[ACTGactg]*'
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

de UNIX dentro de mi script, aunque tengo entendido que "programáticamente" no esta muy bien visto.

La idea es recolectar patrones del tipo: "+" o "-" seguido de "cualquier número" seguido de "cualquier combinación de ACTGactg".

¡Gracias de antemano...!

#!/usr/bin/perl
use v5.14;
use autodie;
 
my @countinsertion;
my @countdeletion;
 
open my $FICHERO, '<', 'kk.txt';
 
while (my $linea = <$FICHERO>) {
    chomp $linea;
    
    push @countinsertion, $linea =~ /([+]\d+[ACTG]+)/gi;
    push @countdeletion,  $linea =~ /([-]\d+[ACTG]+)/gi;
    
}
 
close $FICHERO;
 
use Data::Dumper;
print Dumper \@countinsertion;
print Dumper \@countdeletion;
 
 
__DATA__
 
 
 +32423ACTGtgc     -43342actggggtgtgt
 
+43aaaacactgatcat -9789atcgatcgatcga
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Resultado:

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Using text Syntax Highlighting

$VAR1 = [

          '+32423ACTGtgc',

          '+43aaaacactgatcat'

        ];

$VAR1 = [

          '-43342actggggtgtgt',

          '-9789atcgatcgatcga'

        ];Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **Vozka** » 2013-10-16 05:37 @275

¡Muchísimas gracias, explorer! Aún no domino demasiado los módulos, quizás por eso nunca pienso en usarlos... pero este hace bien el trabajo. Informándome un poco he leído que lo que me interesa más es la opción "Terse" de Data Dumper. Ahora estoy... ¡"trabajando en ello"!

¡Gracias!

EDITADO: no sé si a partir de este código podría, en vez de imprimir el vuelco de datos en pantalla, llenar un array con ellos y así poder acabar con el formato que le da el Dumper.

por **explorer** » 2013-10-16 09:02 @418

Es que eso es lo que hace mi ejemplo: lee la información de un archivo abierto, y guarda en dos array lo que ha encontrado.

Lo que luego hagas con el contenido de los array, pues ya es cosa tuya decidir qué. En mi caso, decidí sacarlo a pantalla con un Dumper.

por **Vozka** » 2013-10-16 09:18 @429

1000 gracias (AGAIN). ¡Me andaré con mas ojo!

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Función grep -o 'patrón' en script [SOLUCIONADO]

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