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Hola.
Tengo un directorio que contiene varios archivos .fasta que corresponden a diferentes cepas. Lo que quiero es lanzar los archivos fasta de las cepas de una misma especie a un programa que calcula unas historias. Esto lo haré a través de un archivo .pl que contiene las instrucciones (configuración) del programa y las rutas de los fastas que quiero lanzar contra el programa. Lo lanzaré dentro de un script de Perl así: `./binario_del_programa ./archivo.pl`
El archivo.pl que usaré como argumento contiene unas líneas como estas:
$FILES{nombre_1}="/home/prueba/archivo_1.fasta";
$FILES{nombre_2}="/home/prueba/archivo_2.fasta";
$FILES{nombre_3}="/home/prueba/archivo_3.fasta";
$FILES{nombre_4}="/home/prueba/archivo_4.fasta";
donde localiza qué fastas exactamente he de lanzar. Lo que estoy intentando es automatizar el proceso. En vez de modificar manualmente estas líneas antes de lanzar el programa para cada especie, quiero crear un foreach dentro del script que para cada especie me modifique las líneas (colocando la ruta de las cepas de esa especie) y lance el programa. Cuando termine y cambie de especie, que vuelva a modificar las líneas con los fastas de las cepas de la nueva especie y lance el programa, etc...
Había pensado usar una expresión regular. Abrir el archivo .pl que usaré de argumento, leer cada línea con un while y cuando encuentre una línea que empiece por $FILES cambiarla por una de las líneas que corresponden a la especie que esté en el foreach.
El problema es que no tengo el mismo número de archivos para cada especie. La especie 1 tiene 5 cepas, por tanto habrá 5 líneas. La especie 2 tiene 9 cepas, por tanto necesitaré 9 líneas. Si uso la expresión regular solo podré modificar las líneas existentes, pero no podré añadir más.
¿Se os ocurre alguna manera de hacerlo?
Gracias.
