Bienvenido a los foros de Perl en Español, ronaldm.
No sabemos con qué módulo o biblioteca planeas leer los archivos que te manden los usuarios.
Si usas el módulo CGI, éste tiene una variable global,
$CGI::POST_MAX en la que podemos indicar el tamaño máximo de los datos que el usuario nos puede enviar en cada conexión.
Mira el final de este hilo:
Ahora sobre subir archivos.