Como sabemos, CGI.pm quedará fuera del CORE en el próximo Perl v5.22, así que es un buen momento para pensar en alternativas. No quiere decir que CGI.pm vaya a desaparecer, pero el actual mantenedor de CGI.pm ha comentado que "no se le ocurra a nadie seguir usando las funciones de generación de código HTML de CGI.pm".
Alternativas a CGI.pm, pues hay varias, pero... esto es tan importante, que Lee Johnson se ha currado una distribución Perl al respecto: CGI::Alternatives

De todas maneras, no hay que entrar en modo pánico: siempre se puede seguir instalando las versiones anteriores de CGI, a través de CPAN.