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Cortar secuencia por la mitad

Perl aplicado a la bioinformática

Cortar secuencia por la mitad

Notapor perl biología » 2015-06-14 12:14 @551

Buenas.

Estoy tratando de cortar una secuencia por la mitad y que ambas mitades me la guarde cada una en una variable distinta.

Para ellos he probado con la variable chop() pero no consigo guardar ambas mitades.

El caso es que meto variables pero no consigo el fin.

#!/usr/bin/perl

my $secuencia = 'AAATTTGGGTGTAATTGGGCCCGT';
my $secuencia =~ s/\s//g;
my $longitud = length($secuencia);

my $long = $longitud/2;
print "La longitud de la cadena es $longitud y el borde mide $long\n";
my $char;
my $new;
for ($char = 0;$char < $long; $char++){
my $char = chop ($secuencia) >> my $new;
}

¿Me pueden ayudar?
Gracias
perl biología
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Re: Cortar secuencia por la mitad

Notapor explorer » 2015-06-14 13:42 @613

Muy creativo tu código... En una línea casi parece C++ :D

El método (que no variable) chop() sirve para recortar el último carácter de una cadena de caracteres.

Si quieres extraer una cadena de caracteres de otra, puedes usar substr():
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;
  4.  
  5. my $secuencia = 'AAATTTGGGTGTAATTGGGCCCGT';
  6. my $longitud  = length $secuencia;
  7. my $borde     = $longitud / 2;
  8.  
  9. print "La longitud de la cadena es $longitud y el borde mide $long\n";
  10.  
  11. my $primera_mitad = substr $secuencia, 0, $borde;
  12. my $segunda_mitad = substr $secuencia, $borde +1;
Coloreado en 0.006 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

Tienes más información en tu ordenador, ejecutando el comando perldoc -f substr
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Re: Cortar secuencia por la mitad

Notapor perl biología » 2015-06-14 14:09 @631

Sí, ante la desesperación de tantas pruebas he liado varios programas.

Muchas gracias por la gran ayuda.
perl biología
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