Foro - Perl en Español

Dentro de mi programa tenía un if() con la siguiente expresión:

if( $var1 eq $var2) { .... }

$var1 y $var2 sólo podían contener 'A', 'T', 'C' o 'G'. O sea, que así perfecto...

Pero ahora he tenido que introducir un cambio: una de las dos variables, por ejemplo $var1 puede contener caracteres comodín, representados por la letra 'N'. Esto significa que si en $var1 encuentro una 'N', siempre tendría que dar cierto (en ese carácter).

No sé si me explico. Por ejemplo:

¿Cómo podría crear la expresión regular que chequee esto? ¿Hay alguna forma de poner un comodín?

Supongo que tendrá que ser del tipo:

if($var2 =~ m/^ ??$var1???$/) { .... }

Tampoco sé cómo incluirlo dentro de un if() :$

Gracias

Se puede convertir la primera variable en una expresión regular y luego hacer la comparación:

Código: Seleccionar todo

$var1 =~ s/N/[ATCG]/g;

if ( $var2 =~ m/^$var1$/ ) { print "Coincidencia..." }

Quedaría mejor salvaguardando la variable original:

Código: Seleccionar todo

($expreg = $var1) =~ s/N/[ATCG]/g;

if ( $var2 =~ m/^$expreg$/ ) { print "Coincidencia..." }

Incluso hasta se puede crear una variable que sea realmente toda la expresión regular que estamos buscando:

Código: Seleccionar todo

($expreg = $var1) =~ s/N/[ATCG]/g;
$expreg = qr(^$expreg$);
if ( $var2 =~ $expreg ) { print "Coincidencia..." }

¡¡Que curioso!!

Lo que no se si me he explicado bien. Quiero que sean exactas las dos variables.

He probado con:

perl -le '$var1= /'ANNNT/'; $var2= /'ATCGA/'; $var1 =~ s/N/[ATCG]/g; if($var2 =~ /^$var1$/){print"coincidenciaaaaaa"}'
coincidenciaaaaaa

¡y me lo da por bueno! ¿Cómo podría restringirlo?

¡MIL gracias!

Código: Seleccionar todo

perl -le '$var1= "ANNNT"; $var2= "ATCGA"; $var1 =~ s/N/[ATCG]/g; if($var2 =~ /^$var1$/){print"coincidenciaaaaaa"}'

Habías escrito las variables con unas cuantas comillas extra, no como cadenas de caracteres

A veces es un lío si manejas unix y windows. En unix tienes que meter todo el script entre comillas simples ('), mientras que en windows es al revés.

explorer escribiste:

Código: Seleccionar todo

perl -le '$var1= "ANNNT"; $var2= "ATCGA"; $var1 =~ s/N/[ATCG]/g; if($var2 =~ /^$var1$/){print"coincidenciaaaaaa"}'

VALE... sin las /... ya decia yo

respecto al mismo tema...
necesito una manera RÁPIDA de hacer esto:

tengo una @lista = .... (que puede contener A, T, C, G y N (donde N es un comodín)).

quiero transformarlo en un hash? con las posibles listas generadas (sustituyendo la N por [ATCG]).

Me imagino una forma pero muy larga, transformandolo en $variable, haciendo joins.. luego otra vez a lista... :S
nose :S alguna idea?

(Ejemplo:

@lista = AN;

**procesamiento**

%hash = (AA, AC, AG, AT);

(AA es una lista (no una variable escalar), AC otra, AG otra...)

slopal escribiste:respecto al mismo tema...
necesito una manera RÁPIDA de hacer esto:

tengo una @lista = .... (que puede contener A, T, C, G y N (donde N es un comodín)).

quiero transformarlo en un hash? con las posibles listas generadas (sustituyendo la N por [ATCG]).

Me imagino una forma pero muy larga, transformandolo en $variable, haciendo joins.. luego otra vez a lista... :S
nose :S alguna idea?

(Ejemplo:

@lista = AN;

**procesamiento**

%hash = (AA, AC, AG, AT);

(AA es una lista (no una variable escalar), AC otra, AG otra...)

Que tal, no entendí la pregunta, podrías profundizar mas en ella y agregar algún ejemplo de lo que quieres realizar?

Saludos,

necesito una manera RÁPIDA de hacer esto:

tengo una @lista = .... (que puede contener A, T, C, G y N (donde N es un comodín)).

quiero transformarlo en un hash? con las posibles listas generadas (sustituyendo la N por [ATCG]).

Solitario he?
Bueno, creo que seria algo como esto -->

Código: Seleccionar todo

my @lista = qw(A B C D);
my @contenido = (1, 2, 3, 4);
my %hash;
my $i = 0;
foreach my $letra (@lista){
  $hash{"$letra"} = $contenido[$i++];
}


Bueno, el problema es que el hash tenga mas de una equivalencia ( $hash{"Hola"} = ["Hello", "Chiao"];)

creating021 escribiste:

necesito una manera RÁPIDA de hacer esto:

tengo una @lista = .... (que puede contener A, T, C, G y N (donde N es un comodín)).

quiero transformarlo en un hash? con las posibles listas generadas (sustituyendo la N por [ATCG]).

Solitario he?
Bueno, creo que seria algo como esto -->

Código: Seleccionar todo

my @lista = qw(A B C D);
my @contenido = (1, 2, 3, 4);
my %hash;
my $i = 0;
foreach my $letra (@lista){
  $hash{"$letra"} = $contenido[$i++];
}


Bueno, el problema es que el hash tenga mas de una equivalencia ( $hash{"Hola"} = ["Hello", "Chiao"];)

No sé si eso era lo que preguntaban, pero si lo es, entonces tu solución no es la mas adecuada, pero no deja de ser una solución.

Te planteo una solución usando un hash slice.

Código: Seleccionar todo

my @lista = qw(A B C D);
my @contenido = (1, 2, 3, 4);
my %hash;
@hash{@lista} = @contenido;


Saludos,

A ver... yo creo que lo que quieres es recrear todas las combinaciones que aparezca la N...
El problema es sencillo si sólo aparece una vez la N en cada lista, pero complicado si aparece más de una vez.
Si ese es el caso, el que pueda aparecer más de una vez la N, estamos ante un problema de combinatoria.