Hola, buenos días. Tengo un
script que lo uso para extraer asignaciones taxonómicas de lo obtenido con
qiime. Está desarrollado para extraer cada asignación por separado de los archivos obtenidos en el formato de Silva y el de GreenGenes. Sin embargo, en la línea
Using perl Syntax Highlighting
my @kingd=($taxon_value[0]=~m/D_0__(.*);D_1|k__(.*);p__/g);
Coloreado en 0.002 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
que es donde está las opciones para los dos formatos, tengo un problema que me arroja este mensaje:
Use of uninitialized value $_ in pattern match (m//) at Perl2.pl line.....
Hasta el momento he eliminado el problema no agregando el módulo
use warnings;. Sin embargo, más que no agregarlo, ¡¡me gustaría saber cuál es el problema !!!
Bueno, creo que esa línea es el problema, porque si la uso de la siguiente manera (para un solo formato, en este caso silva) no me arroja ningún mensaje:
Using perl Syntax Highlighting
my @kingd=($taxon_value[0]=~m/D_0__(.*);D_1/g);
Coloreado en 0.001 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
Esto es parte del código. El
script tiene 6 opciones, una para cada asignación taxonómica. Esta fracción es solo para Filo, pero el resto en la línea del problema es similar.
Using perl Syntax Highlighting
while (<INPUTFILE>){
$line=$_;
chomp($line);
if ($line=~ m/^#/g){
next;
}
elsif ($line=~ m/^[Uu]nassigned/g){
next;
}
elsif ($line){
my @full_line = $_;
foreach (@full_line){
my (@taxon_value)= split (/\t/, $_);
foreach ($taxon_value[0]){
if ($kingdom){
my @kingd=($taxon_value[0]=~m/D_0__(.*);D_1|k__(.*);p__/g); # problema !!
foreach (@kingd){
if ($_=~/^$/){
next;
}
elsif ($_=~ m/^[Uu]nknown/g){
next;
}
elsif ($_=~ m/^[Uu]ncultured$/g){
next;
}
elsif ($_=~ m/^[Uu]nidentified$/g){
next;
}
else {
push @taxon_list, $_;
}
}
}
}
}
}
Coloreado en 0.001 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
Ejemplo de los dos formatos.
Using text Syntax Highlighting
file_1 (Formato Silva)
D_0__Archaea;D_1__Euryarchaeota;D_2__Thermoplasmata;D_3__Thermoplasmatales;D_4__ASC21;D_5__uncultured euryarchaeote 3.43347639485e-05
file_2(Formato GreenGenes)
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Streptomycetaceae;g__Streptomyces 0.00226480047108
Coloreado en 0.000 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
Muchas gracias.
