Foro - Perl en Español

por **angelluigi** » 2016-12-28 17:24 @766

Buenas a todos.

Tengo una duda y es que me ha comentado mi profesor que en la subrutina del aminoacido_minoritario() él cree que puede conllevar a una confusión que para calcularlo usa el valor de num_max_apariciones que obtengo en la subrutina anterior, y me ha dicho que lo modifique para que en el caso de que aparezca más de un aminoácido mayoritario imprima por pantalla el primero y el último y no lo entiendo muy bien.

Muchas gracias y siento ser tan pesado.

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Using perl Syntax Highlighting

use Codones; #subrutina que he creado en otro archivo
 
print "Escriba el nombre del fichero que contiene la  secuencia ADN:";
$DNA_filename= <STDIN>;
chomp $DNA_filename;
unless ( open(DNAFILE, $DNA_filename) ) {print "No se puede abrir el fichero\"$DNA_filename\"\n\n";
exit;}
@DNA = <DNAFILE>;  #guardamos el archivo como un array
close DNAFILE;
$DNA = join('', @DNA);  
$DNA =~ s/\s//g; #sustituimos los espacios en blanco por nada
$RNA =$DNA; # Generamos una nueva varible RNA en la que guardamos el contenido del DNA
$RNA =~ s/T/U/g;
print $DNA;
 
 
$protein=''; # Generamos una cadena vacía donde vamos añadiendo los aminoácidos generados
 
 
for($i=0; $i < (length($RNA) -2) ; $i += 3) {
        $codon = substr($RNA,$i,3);   #Extrae un aminoácido cada vez que recorra
        $protein .= Aminoacido_CodonADN($codon); 
}
 
@protein = split('', $protein);
$protein = join(',',@protein);
 
print "Traducción de la secuencia de DNA a proteína:\n",$protein,,"\n";
print "El signo (-) significa codón stop \n\n";
#######Aminoacido mayoritario###########
 
$protein = join('',@protein);
 
sub aminoacido_mayoritario{($protein)=@_;
        %tabla =();
        $num_max_apariciones =0;
        @resultado =();
        
        
        for(my $i=0;$i<(length $protein);$i++){
                $aminoacido = substr ($protein,$i,1); 
                if (exists $tabla{$aminoacido}) {
                        $tabla{$aminoacido} = $tabla{$aminoacido} +1;
                }
                else {$tabla{$aminoacido} =1
                }
        }
        foreach $contador(values%tabla){
                if($contador > $num_max_apariciones){$num_max_apariciones =$contador;}
                
        }
        foreach $aminoacido(keys%tabla){
                if ( $tabla{$aminoacido}== $num_max_apariciones){push@resultado,$aminoacido;}
        }
        
 
        return join(",",@resultado),$num_max_apariciones;
}
        
 
@mayoritario = aminoacido_mayoritario($protein);
print "Áminoacido/s mayoritario/s y número de apariciones:\n",join(" ",@mayoritario),"\n\n";
 
###### calcular el aminoacido minoritario######
sub aminoacido_minoritario{($protein)=@_;
        %tabla=();
        @resultado =();
        
        
        for (my $i=0;$i<(length $protein);$i++){
                $aminoacido = substr ($protein,$i,1); #Extrae un aminoácido cada vez que recorra
                if (exists $tabla{$aminoacido}) {
                        $tabla{$aminoacido} = $tabla{$aminoacido} +1;
                }
                else {$tabla{$aminoacido} =1
                }
        }
        
        foreach $contador(values%tabla){
                if($contador < $num_max_apariciones){$num_max_apariciones =$contador;}
                $num_min_apariciones=$num_max_apariciones
        }
        
        foreach $aminoacido(keys%tabla){
                if ( $tabla{$aminoacido}== $num_min_apariciones){push@resultado,$aminoacido;}
        }
 
        return join(",",@resultado),$num_min_apariciones;
}
        
@minoritario = aminoacido_minoritario($protein);
print"Aminoácido/s minoritario/s y número de apariciones:\n",join(" ",@minoritario),"\n\n";
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Pues... yo tampoco sé a qué se refiere con lo de primero y último.

Yo lo que veo es que usas una variable global, $num_max_apariciones para llevar la cuenta de las apariciones del aminoácido mayoritario, y luego sacas un listado con todos los aminoácidos que coinciden con ese valor. Pero no sé por qué dice que solo le interesa el primero y el último.

Lo que sí podrías hacer es que en la segunda subrutina, no uses esa variable. Simplemente, inicializa $num_min_apariciones a un valor máximo (por ejemplo, al número de aminoácidos de la secuencia), y modifica el código de la línea 80 para que la use en lugar de la $num_max_...

Es más... las dos subrutinas podrían quedar fundidas en una sola, ya que la búsqueda del máximo es independiente de la búsqueda del mínimo.

Pregúntale a qué se refiere con lo de primero y último. Si es exactamente lo que quiere (sacar solo dos aminoácidos en lugar de todos), debes agregar código para a) sacar solo el primero y último valor de @resultado, y b) contemplar el caso de que solo exista un máximo.

por **angelluigi** » 2016-12-28 19:07 @838

Yo creo que se refiere a que si por ejemplo al hacer la subrutina de aminoácido_mayoritario devolviera 5 aminoácidos que se repiten 10 veces, y esa es la cantidad mayor, que solo muestre el primero y el último. Me imagino que será algo así...

por **explorer** » 2016-12-29 04:15 @219

Sí, eso es lo que hemos deducido, pero, ¿con qué criterio decimos que un aminoácido es el primero o el último?

Según el razonamiento de que son entonces el primero y el último que metemos en @resultado, entonces lo tenemos resuelto:

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Using perl Syntax Highlighting

print "Primero: $resultado[0]\n";
print "Último : $resultado[-1]\n";
 
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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