Foro - Perl en Español

por **perl junior** » 2017-01-08 19:07 @838

Hola, estoy realizando el siguiente script:

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Using perl Syntax Highlighting

#Enumeración de motivos
 
 
 
sub motifs {
        my $t =$_[0];
        my $k = $_[1];
        my @s =@{$_[2]};#Lista pasada por referencia
        my @secuencias = @{$_[3]};
        
        my @motifs=();
        for (my $i=0; $i< scalar @s; $i++) {
                my $indice =$s[$i];
                my $secuencia =$secuencias[$i];
                my $k_mero = substr ($secuencia,$indice,$k);
                
                push @motifs,$k_mero;
        } 
        return @motifs;
}
 
 
 
 
sub profile{
        my ($t,$k,@motifs) =@_;
        my %tabla =();
        my @bases = ("A","C","G","T");
        foreach my $base (@bases){
                my @lista_ceros =();
                for (my $i =0; $i<$k;$i++){
                        push @lista_ceros,0;
                }
                $tabla{$base} = \@lista_ceros;
        }
        
    return  %tabla;
         #LO primero que tengo que hacer es inicializar la tabla, un buen punto de partida es poner ocho ceros
         #declarar una tabla con ocho ceros
        
}
 
my $t1 = 5;
my $k1 = 8;
my @s1 =(6,20,23,10,11);
my @secuencias1 = (
    "CGCCCCTCTCGGGGGTGTTCAGTAAACGGCCA",
    "GGGCGAGGTATGTGTAAGTGCCAAGGTGCCAG",
    "TAGTACCGAGACCGAAAGAAGTATACAGGCGT",
    "TAGATCAAGTTTCAGGTGCACGTCGGTGAACC",
    "AATCCACCAGCTCCACGTGCAATGTTGGCCTA",
);
 
 
 
my  @resultado1 = motifs($t1,$k1,\@s1,\@secuencias1);
print join (" ", @resultado1, "\n");
my %tabla1 = profile($t1,$k1, @resultado1);
foreach my $base (keys%tabla1){
        my @lista = @{$tabla1{$base}};#Me quedo con una copia de la lista a la que referencia
        print "Base" ,$base," ",join(" ",@lista), "\n";
 
}
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Mi duda es que una vez llegado a este punto me piden que calcule la máxima puntuación que devuelve la matriz y que devuelva la secuencia consenso, pero no consigo enfocarlo.

Si alguien me pudiera dar algunas indicaciones para hacer lo primero...

Muchas gracias.

Siendo las bases las claves, y el valor asociado a la clave la lista de números, entonces tengo que acceder a la primera posición de la lista de cada valor para cada clave y calcular el mayor y así para todas las columnas. Por ejemplo, de la primera columna el mayor es el 4.

El problema, y es en lo que me estoy atascando, es cómo acceder a la primera posición de la lista que es el valor de la clave, para cada una de las claves.

¡¡Muchas gracias!!

por **explorer** » 2017-01-11 03:54 @204

Pues eso... recorrer, para todas las columnas, y por cada fila de la tabla, todos los valores, y llevar la cuenta del máximo encontrado en cada columna:

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/env perl
#
# Enumeración de motivos
 
my @bases = qw(A C G T);
 
sub motifs {
    my($longitud, $inicios_ref, $secuencias_ref) = @_;
 
    my @motifs;
 
    for (my $i = 0; $i < scalar @$inicios_ref; $i++) {
        push @motifs, substr $secuencias_ref->[$i], $inicios_ref->[$i], $longitud;
    }
 
    return @motifs;
}
 
sub profile{
    my ($longitud, $motifs_ref) = @_;
    my %tabla;
 
    # Inicialización
    foreach my $base (@bases) {
        $tabla{ $base } = [ (0) x $longitud ];
    }
 
    # Estadísticas
    foreach my $motifs (@$motifs_ref) {
 
        for (my $i = 0; $i < $longitud; $i++) {
 
            $tabla{ substr($motifs, $i, 1) }->[$i]++;           # en la fila de la base, columna $i-ésima, sumamos uno
        }
    }
 
    return \%tabla;
}
 
my $longitud = 8;
my @inicios  = (6, 20, 23, 10, 11);
 
my @secuencias = qw(
    CGCCCCTCTCGGGGGTGTTCAGTAAACGGCCA,
    GGGCGAGGTATGTGTAAGTGCCAAGGTGCCAG,
    TAGTACCGAGACCGAAAGAAGTATACAGGCGT,
    TAGATCAAGTTTCAGGTGCACGTCGGTGAACC,
    AATCCACCAGCTCCACGTGCAATGTTGGCCTA,
);
 
 
my @motifs = motifs($longitud, \@inicios, \@secuencias);
print "@motifs\n";
 
my $tabla_ref = profile($longitud, \@motifs);
 
foreach my $base (sort @bases) {
    print "Base $base: @{ $tabla_ref->{$base} }\n";
}
 
# Calcular máximos
my @maximos_columnas;
 
for (my $i = 0; $i < $longitud; $i++) {         # para todas las columnas
 
    my $maximo = 0;                             # vamos a encontrar un máximo
 
    foreach my $base (@bases) {                 # para todas las filas
 
        my $veces = $tabla_ref->{$base}->[$i];  # extraemos el número correspondiente a esa fila y columna
 
        if ($maximo < $veces) {                 # si el número es mayor que el máximo,
            $maximo = $veces;                   # nuevo máximo encontrado, lo recordaremos
        }
    }
 
    push @maximos_columnas, $maximo;            # guardamos el máximo encontrado en la lista
}
 
print "Máx.  : @maximos_columnas\n";
 
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

La salida es:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

TCTCGGGG CCAAGGTG TACAGGCG TTCAGGTG TCCACGTG

Base A: 0 1 1 4 0 0 0 0

Base C: 1 3 3 1 1 0 1 0

Base G: 0 0 0 0 4 5 1 5

Base T: 4 1 1 0 0 0 3 0

Máx.  : 4 3 3 4 4 5 3 5Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **perl junior** » 2017-01-11 08:18 @387

Muchas gracias, explorer. Como el objetivo era obtener la puntuación consenso y la puntuación máxima dejo aquí el programa por si hubiera alguien que quisiera saberlo

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#Enumeración de motivos
 
sub motifs {
        my $t =$_[0];
        my $k = $_[1];
        my @s =@{$_[2]};#LIsta pasada por referencia
        my @secuencias = @{$_[3]};
        
        my @motifs=(); # lista vacía  donde iré metiendo las motivos de tamaño k que extraiga de cada secuencia
        for (my $i=0; $i< scalar @s; $i++) {
                my $indice =$s[$i];
                my $secuencia =$secuencias[$i];
                my $k_mero = substr ($secuencia,$indice,$k);
                
                push @motifs,$k_mero;
        } 
        return @motifs;
}
 
my $t1 = 5;
my $k1 = 8;
my @s1 =(6,20,23,10,11);
my @secuencias1 = (
    "CGCCCCTCTCGGGGGTGTTCAGTAAACGGCCA",
    "GGGCGAGGTATGTGTAAGTGCCAAGGTGCCAG",
    "TAGTACCGAGACCGAAAGAAGTATACAGGCGT",
    "TAGATCAAGTTTCAGGTGCACGTCGGTGAACC",
    "AATCCACCAGCTCCACGTGCAATGTTGGCCTA",
);
 
 
sub profile{
        my ($t,$k,@motifs) =@_;
        my %tabla_profile =();
        my @bases = ("A","C","G","T");
        foreach my $base (@bases){
                my @lista_ceros =();
                for (my $i =0; $i<$k;$i++){
                        push @lista_ceros,0;
                }
                $tabla_profile{$base} = \@lista_ceros;
                #print @{$tabla_profile{"A"}};
                
                
        }
        foreach my $motif(@motifs){ #Queremos acceder a los motivos,vamos a recorrerlos/Al ser irrevelante el índice de la secuencia usar foreach
                for (my $i=0;$i<$k;$i++){
                        my $base = substr($motif,$i,1);#Vamos a extraer cada base de la secuencia, en este caso la posicion es relevante
                        #$base, es la clave de acceso a la tabla/ $tabla_profile{$base}= referencia a la lista
                        #@{$tabla{$base}}, hago una copia
                        #${$tabla{$base}}, acceso al valor de esa lista
                        my $ref_lista = $tabla_profile{$base}; #COn esto tengo el identificador de la lista
                        
                        ${$ref_lista}[$i] = ${$ref_lista}[$i]+1;
                        
                     
                }
        
                
        }
    return  %tabla_profile;
         #LO primero que tengo que hacer es inicializar la tabla, un buen punto de partida es poner ocho ceros
         #declarar una tabla con ocho ceros
        
}
 
 
 
 
 
my  @resultado1 = motifs($t1,$k1,\@s1,\@secuencias1);
print join (" ", @resultado1, "\n");
my %tabla= profile($t1,$k1, @resultado1);
foreach my $base (keys%tabla){
        my @lista = @{$tabla{$base}};#Me quedo con una copia de la lista a la que referencia
        print "Base" ,$base," ",join(" ",@lista), "\n";
 
}
#if($contador < $num_max_apariciones){$num_max_apariciones =$contador;}
                #$num_min_apariciones=$num_max_apariciones
 
 
sub puntuacion {
        my($k,%profile)=@_;
        my @maximos_columnas= ();
        my $consenso="";
        for( my $i=0;$i<$k;$i++){                        # para todas las columnas (en este caso si que interesa la posicion)
                my $maximo= 0 ;                              #vamos a encontrar un máximo de esas columnas
                foreach my $base (keys%tabla){               # para todas las filas
                        @lista = @{$profile{$base}};
                        
                        my $veces= $lista[$i]; 
                                                                 #si el número es mayor que el máximo
                        if ($maximo < $veces){
                                $maximo=$veces;
                                
                        
                        
                        } 
                
                
                
                }
                 
         push @maximos_columnas,$maximo;                  #guardamos el máximo encontrado en una lista 
         foreach my $base (keys%tabla){                    # para todas las filas
                        @lista = @{$profile{$base}};
                        my$repeticiones= $lista[$i]; 
                if ($repeticiones eq $maximo){$consenso=$consenso.$base;}
             
             
             }
        } 
        $puntuacion_total=0;
        foreach $puntuacion (@maximos_columnas){
        $puntuacion_total =$puntuacion+$puntuacion_total;
    
}
        return  $consenso,$puntuacion_total
}
 
@resultado=puntuacion($k1,%tabla);
 
print "La mejor puntuación obtenida es: ",$resultado[1],"\n";
print "La secuencia consenso es: ",$resultado[0];
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Salida

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

TCTCGGGG CCAAGGTG TACAGGCG TTCAGGTG TCCACGTG 

BaseC 1 3 3 1 1 0 1 0

BaseT 4 1 1 0 0 0 3 0

BaseA 0 1 1 4 0 0 0 0

BaseG 0 0 0 0 4 5 1 5

La mejor puntuación obtenida es: 31

La secuencia consenso es: TCCAGGTG
Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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