Con un formato así, se puede extraer lo interesante con una expresión regular, y luego usar Time::Local (incluido por defecto en tu distribución de Perl), para obtener la fecha UNIX:
Using perl Syntax Highlighting
#!/usr/bin/env perl
use v5.14;
use utf8;
use Time::Local;
my $time_txt = '2017 0419 1620 39.3';
my($año, $mes, $día, $horas, $minutos, $segundos) = $time_txt =~ /^(\d{4}) (\d{2})(\d{2}) (\d{2})(\d{2}) (\d+)/;
#say $año, $mes, $día, $horas, $minutos, $segundos;
$mes--; # consistente con la función localtime() y gmtime()
my $time_unix_local = timelocal($segundos, $minutos, $horas, $día, $mes, $año);
say $time_unix_local; # 1492611639
Coloreado en 0.005 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
Con eso obtienes la fecha UNIX en la zona horaria local. Si quieres tener la fecha en la zona horaria GMT, debes usar la función timegm(). Más información en
Time::Local