Fundamentos de Perl5 (1)
El lenguaje Perl5
El intérprete Perl (en el terminal)
Editores de texto y entornos de desarrollo integrados (IDEs)
Un primer programa
Cómo escribir tus programas
Sintaxis básica de Perl
Variables y tipos
Asignaciones a variables escalares
Asignaciones y consultas a arreglos o vectores
Asignaciones a tablas asociativas y consultas
Variables especiales de Perl
Ejercicio con variables
Operadores
Estructuras de control
Ejemplo de estructuras de control
Expresiones regulares
Ejercicios con expresiones regulares
Qué hace este trozo de código?
Ejercicio con enzimas de restricción
Biblioteca de funciones de Perl
Funciones sobre arreglos
Funciones sobre cadenas
Funciones sobre tablas asociativas
Funciones aritméticas
Ejercicios que requieren funciones de Perl
Alineamiento de secuencias y matrices de sustitución
Evaluando alineamientos de secuencias
Algoritmos genéticos: simulando mutaciones sobre cromosomas
Operaciones con archivos y directorios
Manejo de archivos
Manejo de directorios
Ejercicios que manejan archivos
Leyendo archivos Protein Data Bank (PDB)
Procesando resultados de BLAST
Entrada, salida y formateo de datos
Formateo de datos
Llamadas al sistema operativo
Fundamentos de Perl5 (2)
Subrutinas y paso de parámetros
Declaración de subrutinas y alcance de las variables
Ejemplo de alcance de variables
Subrutinas que devuelven valores
Paso de parámetros por valor y por referencia
Funciones recursivas
Ventajas de usar subrutinas
Ejercicios con subrutinas
Estructuras de datos más complicadas
Arreglos de arreglos
Tablas de tablas, Hashes of hashes
Combinaciones de arreglos y tablas
Registros
Colas y pilas como arreglos
Grafos y árboles
Ejercicio con estructuras de datos
Objetos en Perl
Atributos e identidad de un objeto (con programación estructurada)
Métodos de un objeto (con programación estructurada)
Implementando una clase en Perl
Paquetes y módulos
Paquetes y módulos del intérprete Perl
CPAN
Creación de paquetes y módulos
Utilización de paquetes y módulos desde un programa
Ejercicio de creación de paquetes
Algunos paquetes y programas Perl útiles en aplicaciones bioinformáticas
Getopt::Std
LWP
XML y JSON
RemoteRestMap
GD::Graph
GraphViz
SOAP y web servicios
Otros módulos y programas
Limitaciones numéricas de Perl5
DBI y BioPerl
DBI
Operaciones básicas con bases de datos relacionales
Conexión a una base de datos a través de la red
Manipulación de una base de datos con SQL
Sentencias SELECT
Otras sentencias
Ejercicios con DBI
BioPerl
Introducción a Perl6
Perl5 desde Perl6
Perl desde el terminal: one liners
Ejemplos generales
Algunas aplicaciones en Bioinformática
Material de apoyo en Internet
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