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Curso Perl en Bioinformática (actualizado a 2017)

Perl aplicado a la bioinformática

Curso Perl en Bioinformática (actualizado a 2017)

Notapor explorer » 2017-08-19 18:08 @797

Curso de Perl en bioinformática
desarrollado por Bruno Contreras-Moreira, Fundación ARAID y Estación Experimental de Aula Dei-CSIC, Zaragoza, España.

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Using text Syntax Highlighting
    Presentación
    Fundamentos de Perl5 (1)
        El lenguaje Perl5
            El intérprete Perl (en el terminal)
            Editores de texto y entornos de desarrollo integrados (IDEs)
            Un primer programa
            Cómo escribir tus programas
        Sintaxis básica de Perl
        Variables y tipos
            Asignaciones a variables escalares
            Asignaciones y consultas a arreglos o vectores
            Asignaciones a tablas asociativas y consultas
            Variables especiales de Perl
            Ejercicio con variables
        Operadores
        Estructuras de control
            Ejemplo de estructuras de control
        Expresiones regulares
            Ejercicios con expresiones regulares
                Qué hace este trozo de código?
                Ejercicio con enzimas de restricción
        Biblioteca de funciones de Perl
            Funciones sobre arreglos
            Funciones sobre cadenas
            Funciones sobre tablas asociativas
            Funciones aritméticas
            Ejercicios que requieren funciones de Perl
                Alineamiento de secuencias y matrices de sustitución
                Evaluando alineamientos de secuencias
                Algoritmos genéticos: simulando mutaciones sobre cromosomas
        Operaciones con archivos y directorios
            Manejo de archivos
            Manejo de directorios
            Ejercicios que manejan archivos
                Leyendo archivos Protein Data Bank (PDB)
                Procesando resultados de BLAST
        Entrada, salida y formateo de datos
            Formateo de datos
        Llamadas al sistema operativo

    Fundamentos de Perl5 (2)
        Subrutinas y paso de parámetros
            Declaración de subrutinas y alcance de las variables
                Ejemplo de alcance de variables
            Subrutinas que devuelven valores
            Paso de parámetros por valor y por referencia
            Funciones recursivas
            Ventajas de usar subrutinas
            Ejercicios con subrutinas
        Estructuras de datos más complicadas
            Arreglos de arreglos
            Tablas de tablas, Hashes of hashes
            Combinaciones de arreglos y tablas
            Registros
            Colas y pilas como arreglos
            Grafos y árboles
            Ejercicio con estructuras de datos
        Objetos en Perl
            Atributos e identidad de un objeto (con programación estructurada)
            Métodos de un objeto (con programación estructurada)
            Implementando una clase en Perl
        Paquetes y módulos
            Paquetes y módulos del intérprete Perl
            CPAN
            Creación de paquetes y módulos
            Utilización de paquetes y módulos desde un programa
            Ejercicio de creación de paquetes
            Algunos paquetes y programas Perl útiles en aplicaciones bioinformáticas
                Getopt::Std
                LWP
                XML y JSON
                RemoteRestMap
                GD::Graph
                GraphViz
                SOAP y web servicios
                Otros módulos y programas
        Limitaciones numéricas de Perl5

    DBI y BioPerl
        DBI
            Operaciones básicas con bases de datos relacionales
            Conexión a una base de datos a través de la red
            Manipulación de una base de datos con SQL
                Sentencias SELECT
                Otras sentencias
            Ejercicios con DBI
        BioPerl

    Introducción a Perl6
        Perl5 desde Perl6

    Perl desde el terminal: one liners
        Ejemplos generales
        Algunas aplicaciones en Bioinformática

    Material de apoyo en Internet
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