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bioinfo: Expresión regular familia O-fucosiltransferasas

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: Expresión regular familia O-fucosiltransferasas

Notapor explorer » 2017-10-08 11:54 @537

«El pasado 8 de febrero se publicó en la revista Nature Chemical Biology (http://dx.doi.org/10.1038/nchembio.2019) un artículo donde se describen las bases moleculares de la reacción de O-fucosilación. Ésta es una modificación postraduccional poco frecuente, que realizan las enzimas O-fucosiltransferasas.

...

Tras alinear algunas secuencias de ejemplo y perfeccionar la expresión regular, ésta se empleó para identificar todas las secuencias con dominios TSR en los proteomas de Homo sapiens y Caenorhabditis elegans. Más generalmente, el siguiente trozo de código permite localizar dentro de un fichero FASTA todas las secuencias reconocidas por una expresión regular...»

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