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bioinfo: One-liner para calcular el N50 de un ensamblaje

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: One-liner para calcular el N50 de un ensamblaje

Notapor explorer » 2017-10-08 11:57 @539

«El estadístico N50 se usa a menudo para resumir a grosso modo un ensamblaje de secuencias, que generalmente es un fichero FASTA con una serie de contigs.

Modificando la definición de la Wikipedia, N50 es la longitud de contigs tal que usando contigs de igual o mayor tamaño recuperamos la mitad de las bases de ese ensamblaje».

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