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bioinfo: rooting and laddering Newick trees

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: rooting and laddering Newick trees

Notapor explorer » 2017-10-08 18:07 @797

«Esta entrada es para compartir un script Perl para enraizar árboles, muchos árboles, de manera automática, y ordenar los nodos por distancia.

Rubén Sancho y yo estamos probando el software GRAMPA, que requiere una colección de árboles de genes precalculados en formato Newick, pero además los quiere enraizados y ordenados de manera ascendente. Como son más de mil árboles no lo queríamos hacer uno a uno con FigTree, por poner un ejemplo; queríamos automatizarlo y para ello aprovechamos los módulos Bio::TreeIO y Bio::Phylo. El primero es de Bioperl y ya lo tenía instalado, el segundo lo instalé con: $ sudo cpanm Bio::Phylo».

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