Bienvenido a los foros de Perl en Español, CrisPerl.
Para leer los números, por el teclado, suponemos que el usuario los va a escribir en una sola línea y separados con comas.
Con esta línea los puedes leer:
Using perl Syntax Highlighting
my $numeros = <INPUT>; # leer una línea del teclado
chomp $numeros; # quitamos los caracteres de fin de línea
my @numeros = split /[,]/, $numeros; # dividimos el texto por las comas y guardamos los elementos.
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GeSHi 1.0.8.4
Finalmente, queda por hacer la suma. Tienes que hacer un bucle por @numeros y sumas el elemento a una variable escalar, que irá guardando el total, pero antes debes comprobar si el elemento es 999. En ese caso ejecutas un "last" para que el bucle termine.