La regla básica es que el perl instalado en el sistema NUNCA debe tocarse, porque sino te arriesgas a que algún sistema de mantenimiento o herramienta principal del sistema deje de funcionar.
Por si no lo sabes, el instalador yum lo que hace es gestionar rpm, pero de forma más cómoda.
No sé a qué te refieres con lo de reinstalar perl en un sitio distinto. ¿Te refieres al intérprete de Perl o a la distribución de Perl? Realmente, no sé si eso es posible en este tipo de sistemas. Lo dicho: si es el Perl del sistema, mejor no tocarlo ni cambiarlo de sitio.
La gran mayoría de las ocasiones, el binario perl está instalado en /usr/bin/, así que si queremos sustituirlo por otro sitiado en otro sitio, "en algunas ocasiones vale con hacer un enlace simbólico"
ln -sf /usr/local/bin/perl /usr/bin
Este comando sobreescribirá /usr/bin/perl con un enlace simbólico a /usr/local/bin/perl