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bioinfo: contenido GC de un fichero FASTA

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: contenido GC de un fichero FASTA

Notapor explorer » 2021-03-20 20:24 @891

Hola,

una pregunta habitual cuando analizas un fichero de nucleótidos, por ejemplo un ensamblaje de un genoma, es qué porcentaje GC tiene. Asumiendo que el fichero está en formato FASTA, podemos obtener fácilmente ese valor con un mini-programa (one-liner) escrito en lenguaje perl. Por ejemplo, para el genoma comprimido de Brachypodium distachyon obtenido de Ensembl Plants, podríamos obtenerlo así:

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