Veo que hay un par de módulos, para mod_perl y mod_perl2. Y luego un
CGI::FileManager, que es una aplicación CGI::Application. Pero veo que el autor dice que aún no funciona la autenticación (y está sin tocar desde el 2008...).
Fuera de MetaCPAN sí que hay aplicaciones, como
Wefis.
Usermin (del paquete Webmin) tiene también un gestor de archivos, pero usando un cliente Java.