Foro - Perl en Español

Hola compañeros perleros, me alegro de entrar en este foro y enviaros mi primer post. Soy novato en esto y acabo de empezar, pero espero que con el paso del tiempo y las ayudas de este foro pueda avanzar en la materia.

Os cuento, trabajo en bioinformática con análisis de secuencias biológicas y Perl y me ha surgido un problema. Pero antes de nada, para que veáis cómo son los datos que empleo os pongo este ejemplo:

Código: Seleccionar todo

Q P V L H L V A L N T P L S G G M R G I R G A D F Q C

donde cada letra de la secuencia correspondería, en este caso, a un aminoácido. En mi trabajo tengo que asignar a cada aminoácido de una secuencia un determinado valor numérico. Eso lo he hecho con un Hash (como cada aminoácido puede repetirse le he puesto un índice numérico según la posición de cada aminoácido) y hasta ahí, bien. El problema es que tengo que asignar esos valores a otra secuencia de aminoácidos diferente en un proceso de alineamiento en que se pueden perder aminoácidos en una y otra secuencia, con lo cual pierdo las "keys" del hash para asignar esos valores.

Por ejemplo, tengo las secuencias de partida A y B:

Código: Seleccionar todo

Secuencia A = VPIVNLKDEVLSQPGARI
Secuencia B = VPIVNLKDELLFSGSEGPLKPGARI

Cada secuencia la meto en un array diferente (@A y @B), y los valores que asigno a la secuencia A en otro array (@VALOR), de igual longitud que @A. Con los posición de cada aminoácido de @A puedo asignar a cada aminoácido del array @A el valor de @VALOR que corresponde en un hash %H, de esta manera:



Vale, el código podría escribirse mejor, pero bueno, estoy aprendiendo

En fin, al alinear ambas secuencias A y B me queda esto (es un ejemplo):

Código: Seleccionar todo

Secuencia A resultante= IVNLKDQPGARI
Secuencia B resultante= IVNLKDKPGARI

Como veis, en el proceso he perdido aminoácidos de la secuencia A y la B. Partiendo de los valores del Hash para los aminoácidos de la secuencia A que queden, ¿Cómo podría asignar los valores del hash %H que correspondan a la secuencia B?

Espero que hayáis entendido el problema, si no es así decidlo y os lo aclaro.

Muchas gracias por anticipado.

Está bien, pero yo lo haría así:



Creo que la evaluación de for es mejor para este caso que until pero no tengo muchas bases para decir esto así podrías usar el que mejor se te acomode a no ser que alguien tenga un comentari al respecto

Como veis, en el proceso he perdido aminoácidos de la secuencia A y la B. Partiendo de los valores del Hash para los aminoácidos de la secuencia A que queden, ¿Cómo podría asignar los valores del hash %H que correspondan a la secuencia B?

Código: Seleccionar todo

Secuencia A = VPIVNLKDEVLSQPGARI
Secuencia B = VPIVNLKDELLFSGSEGPLKPGARI

Suponiendo que las secuencias no son una agrupación de letras si no que son un dato, es decir, en la secuancia A su valor es VPIVNLKDEVLSQPGARI y no es V P I V N L K D E V L S Q P G A R I (terminos no separados) no deberías de tener problemas.

De donde o cómo sacas estos datos?
Si estan en memoria exactamente como los pones no entiendo porque B pierde datos... depronto hay un problema en la forma de contar los elementos de %H o estás incluyendo @B en %H...

A mí me hacen falta datos para poder darte una verdadera ayuda.

Hola otra vez compañeros

Gracias por las respuestas y perdón por la tardanza en escribir. He estado mirando el problema y la respuesta era más fácil de lo que os había contado, pero me había liado al plantearlo (cómo se nota que no soy informático;-) y con un array donde conservar los valores bastaba. En fin, gracias por las respuestas y nos vemos en la próxima duda

Saludos