Sí que puede ocurrir. Sí que me he encontrado algún caso en que el servicio se ha "apropiado" de las entrada y salida estándar, impidiendo que los programas que lanza a continuación pueda usarlos libremente.
En algunos casos lo pudimos resolver duplicando (con dup(2)) los canales estándares, en el servicio. En otros casos tuvimos que poner otro protocolo de comunicaciones entre los programas secundarios (usar el disco o disco RAM o SysV para intercambiar datos). O... lo mejor... resolver todo el problema en Perl (reducir todos los programas a uno solo

)