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Programa conversión GenBank a FASTA

Perl aplicado a la bioinformática

Programa conversión GenBank a FASTA

Notapor alejandro » 2013-05-24 11:43 @530

Buenas tardes,

Soy nuevo en el foro y en bioinformática, llevo muy poco tiempo aprendiendo Perl, y tengo que hacer un programa que haga lo siguiente:

Leer nombres de archivos desde la entrada patrón (teclado); cada archivo puede tener uno o más registros en formato GenBank. Para cada archivo de entrada crear un archivo de salida con extensión ".fasta". Cada archivo de salida (los .fasta) deben tener las secuencias del archivo de entrada en formato fasta. Además, el encabezado de cada secuencia debe tener los siguientes datos separados por una barra vertical "|": accession number, nombre de la especie y tamaño de la secuencia. Solo deben aparecer en el archivo de salida las secuencias de ADN (no RNA ni proteínas...) que tengan una publicación asociada.

La verdad es que me ha costado bastante, pero necesito la ayuda...

Mil gracias
alejandro
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Re: Programa conversión GenBank a FASTA

Notapor explorer » 2013-05-24 13:19 @597

Bienvenido a los foros de Perl en Español, alejandro.

Por este foro de Bioinformática hay ejemplos con archivos GenBank, FASTA, cómo leerlos y escribirlos, cómo extraer y escribir información, etc.

¿Qué problemas tienes?
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