Foro - Perl en Español

Tenemos un problema: queremos extraer una serie de columnas de un archivo txt el cual consta de 5 columnas. Queremos quedarnos con la columna 1, 3 y 5.

Sin embargo, tras crear el hash en el while y hacer la consulta con el STDIN, no hay resultado alguno, ya que solo guarda la última línea del txt.

Necesitamos ayuda urgente, ya que es para un trabajo de una asignatura del grado. ¡¡¡Un saludo!!!

El error está en la línea 33:

En esa línea estás redefiniendo el hash %datos en cada vuelta, por lo que solo guarda, al final, la última línea.

Mejor así:

Muchas gracias por la ayuda. Ahora el hash sí imprime los resultado de mi búsqueda STDIN.

Sin embargo surgió un problema, ya que en nuestro archivo txt hay Especies que se repiten.

Al hacer la búsqueda del termino STDIN, por ejemplo, Blastococcus saxobsidens, deberían salir 2 resultados, pero solo nos imprime los datos de uno de ellos. Te adjunto script por si nos puedes ayudar. ¡¡ Bendito foro de Perl !!

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;

my $archivo = $ARGV[0];
my @campos;
my @identificadores;
my %datos;
my @array;
my @array2;

# Hemos declarado las variables y diccionarios fuera del bucle
open( IN, $archivo ) or die "No se pudo leer $archivo, programa erróneo.";
while (<IN>) {

# eliminar el salto de línea
chomp $_;

# cortar los elementos separados por un tabulador y añadirlo cada uno como elemento de un array
@campos = split( '\t', $_ );
@identificadores = split( ',', $campos[4] );

# creamos un hash con valores separados por espacios del array @campos
#%datos = ("$campos[2]" => "$campos[0] $campos[4]");
push( @array, "$campos[2]" );
push( @array2, "Identificador: $campos[0]\nBases de datos: $campos[4]\n");

#print ($datos {"$campos[2]"}. "\n");
}

# Como sólo nos estaba almacenando en el diccionario el último valor, hemos creado unos arrays para almacenar los datos
for (my $c = 0; $c <= 2305; $c++ ) {
$datos {$array[$c]} = $array2[$c];

print ($datos {"$array[$c]"}. "\n");
}

# Introducimos una especie en la terminal
print( "Introduzca especie" . "\n" );
my $in = (<STDIN>);
chomp($in);

#Si la especie no coincide con el formato del nombre científico, que retorne un error
if ($in !~ m/[a-z+] [a-z+]/i) {
print("Error. Esto no es una especie\n");
}
# Búsqueda en el hash de nuestra especie con un bucle foreach y que te devuelva
#los campos Identificador y Bases de datos correspondientes a la especie
# Aquí es dónde tenemos el problema: Al ejecutar el script en la terminal, nos permite introducir
# la especie con el STDIN, pero solo nos da 1 resultado dato en la terminal. Si la especie se repite más de una vez, solo nos da un resultado.
foreach my $busqueda ( keys %datos ) {
if ( $busqueda =~ m/$in/i ) {
print( $datos {"$in"} . "\n" );
}
}
close IN;
...

La solución es guardar más de un elemento en la parte de "valor" del hash. Y eso se puede conseguir con un array.

Es decir, guardamos como valor un array. Y ese array contendrá elementos, cada uno de los cuales es el valor leído en el archivo. De esa manera guardamos juntos todos los registros que sean de la misma especie.

Algo así (no probado):


Las líneas 29 a 32 las he puesto para que el módulo Data::Dumper vuelque toda la estructura de %datos. Así podréis ver cómo queda lo leído. Una vez que estéis conformes, esas líneas se pueden dejar comentadas, o borrarlas definitivamente.

En perldoc perlreftut tenéis un pequeño tutorial de cómo se construyen y manejan estructuras complejas en Perl.

Edito: había un error en la expresión regular.