Foro - Perl en Español

... un fichero de entrada y un fichero de salida ⋅  el fichero de entrada debe ser el que se proporciona en el material (se llama “desafio.fasta”) es un fichero multifasta con secuencias de genes codificadores de proteínas ⋅  el script debe analizar sólo las secuencias completas, ...

... Es decir: vamos guardando en memoria las líneas del archivo resultado, y luego lo grabamos de golpe (no probado): [perl lines=geshi-n]sub fastq_fasta { my $file = shift; (my $file_new = $file) =~ s/^(.*)$fastq_extension.*$/$1/; $file_new = "$file_new.fasta"; # eliminate old files if ...

Hola, ¿qué tal? Tengo este script que convierte un archivo fastq o una carpeta con varios archivos fastq en formato fasta. Una de las opciones que agregué es la de definir el número de NNN repeticiones (NNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTGAAGAATGCGACGTACAGGATCATCTA), las cuales pueden excluirse ...

... secuencias con los ID del archivo.txt y yo lo que quiero es que salga todo el nombre original de cada secuencia. [text filename=archivo_secuencias.fasta]>Z85.T_1177507 Z85s 9PG0M:00018:00019 orig_bc= new_bc= bc_diffs=0 ACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAGGAAAACTTGGGAATTAATACCCCCCAA ...

Como siempre, mil gracias, no solo por contestar, ¡¡¡ si no también por hacer las cosas sencillas !!!

... = $file) =~ s/(.*)$extension.*/$1/; open LINE, '<', $file or die "can't read open $file\n"; open OUTFILE, '>>', "$file_name.fasta" or die "can't write $file_name\n"; while ( defined(my $head = <LINE>) && defined(my $seq = <LINE>) && defined(my ...

Hola, he creado este script para extraer múltiples secuencias contenidas en una carpeta en formato fastq y pasarlas a formato fasta y que mantenga el mismo nombre de cada archivo fastq : [perl lines=geshi-n]#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Getopt::Long; my ($dir, $files, ...

Gracias, explorer.

... [bash lines=geshi-n]perl -p -i -e 's{^(>.+)[.](\d+)$}{$1/$2}' code_39671.txt[/bash] Explicación: ⋅  la opción '-p' abre el archivo fasta 'code_39671.txt', y lo va leyendo línea por línea ⋅  la opción '-i' indica que vamos a hacer modificaciones al propio archivo ⋅  ...

Hola. Soy nuevo en el foro, y quería pedir una ayuda. Soy biólogo y no me manejo mucho en programación. Tengo un archivo fasta con cerca de 2 millones de registros, que apenas lo puedo abrir en un procesador de texto. Los registros se encuentran de la siguiente forma. [text]>SRR1517819.1.1 ...