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Resolver problema

Perl aplicado a la bioinformática

Resolver problema

Notapor jcarlos_12 » 2017-01-29 06:54 @329

Hola, buenas. Tengo que hacer un problema en Perl y no sé muy bien cómo resolverlo. ¿Pueden ayudarme? ¡Muchísimas gracias!

El script debe hacer lo siguiente:
  • pedir un fichero de entrada y un fichero de salida
  • el fichero de entrada debe ser el que se proporciona en el material (se llama “desafio.fasta”) es un fichero multifasta con secuencias de genes codificadores de proteínas
  • el script debe analizar sólo las secuencias completas, es decir, debe detectar qué secuencias no tienen codón de inicio, o codón de parada o no son múltiplos de 3
  • debe imprimir un resumen en el fichero de salida con el total de secuencias leídas, el total de secuencias descartadas y el total de secuencias útiles
  • debe imprimir en el fichero de salida un listado del nombre de las secuencias descartadas
  • debe imprimir en el fichero de salida el porcentaje de G+C total de cada secuencia útil, su G+C en primera posición de los codones, el G+C de las segundas posiciones y el G+C de las terceras con este formato tabulado:
    Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
    Using text Syntax Highlighting
    NOMBRE  GC_TOTAL        GC_1    GC_2    GC_3
    secuencia 1     45.23           34.45   23.67   49.50
    secuencia 2     44.23           32.44   33.57   43.40
    etc.
    Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
  • debe imprimir la media y la desviación estándar del GC total, del GC1, del GC2 y del GC3
  • debe indicar qué secuencia tiene el GC más alto y qué secuencia tiene el GC más bajo
  • debe indicar qué secuencia tiene el GC1 más alto y qué secuencia tiene el GC1 más bajo
  • debe indicar qué secuencia tiene el GC2 más alto y qué secuencia tiene el GC2 más bajo
  • debe indicar qué secuencia tiene el GC3 más alto y qué secuencia tiene el GC3 más bajo
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Re: Resolver problema

Notapor explorer » 2017-01-29 07:32 @355

Bienvenido a los foros de Perl en Español, jcarlos_12.

Yo creo que, más o menos, todos los puntos se han tratado en algunos hilos de este subforo de Bioinformática.

Usa el sistema de búsqueda para localizar código y explicaciones. Nosotros podemos ayudarte si te atascas con algún código en concreto.
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