secuencia 1 45.23 34.45 23.67 49.50
secuencia 2 44.23 32.44 33.57 43.40
etc.
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
El script debe hacer lo siguiente:
- pedir un fichero de entrada y un fichero de salida
- el fichero de entrada debe ser el que se proporciona en el material (se llama “desafio.fasta”) es un fichero multifasta con secuencias de genes codificadores de proteínas
- el script debe analizar sólo las secuencias completas, es decir, debe detectar qué secuencias no tienen codón de inicio, o codón de parada o no son múltiplos de 3
- debe imprimir un resumen en el fichero de salida con el total de secuencias leídas, el total de secuencias descartadas y el total de secuencias útiles
- debe imprimir en el fichero de salida un listado del nombre de las secuencias descartadas
- debe imprimir en el fichero de salida el porcentaje de G+C total de cada secuencia útil, su G+C en primera posición de los codones, el G+C de las segundas posiciones y el G+C de las terceras con este formato tabulado:
- debe imprimir la media y la desviación estándar del GC total, del GC1, del GC2 y del GC3
- debe indicar qué secuencia tiene el GC más alto y qué secuencia tiene el GC más bajo
- debe indicar qué secuencia tiene el GC1 más alto y qué secuencia tiene el GC1 más bajo
- debe indicar qué secuencia tiene el GC2 más alto y qué secuencia tiene el GC2 más bajo
- debe indicar qué secuencia tiene el GC3 más alto y qué secuencia tiene el GC3 más bajo
