Foro - Perl en Español

Muchas gracias, explorer. Voy a probarlo bien con las secuencias FASTA, ya que ahí no señalo esas secuencias.

A ver qué tal me va ahora.

... lee todas las líneas, y luego las recorre y se queda con la última línea que no sea un espacio en blanco, ni un comentario ni una cabecera FASTA. Y lo guarda en $secuencia. Luego le quita los espacios en blanco. Luego pide el nombre del archivo que contiene el gen (?) y hace lo mismo que ...

Buenas tardes, tengo una duda que no me permite avanzar.

Quiero abrir varias secuencias FASTA y que me salgan de forma concatenadas (secuencia tras secuencia) para formar un plásmido.

Por favor, espero respuesta.
Gracias de antemano.

... introduzca la zona vir\n"; print "Dime nombre del archivo que contiene la zona vir\n"; my $fichero = <STDIN>; open my $fichero; my @fasta = <$fichero>; close $fichero; my $secuencia; foreach (@fasta) { next if /^\s*$/; next if /^\s*#/; next if /^>\; $secuencia = $_; } $secuencia ...

Por este hilo (Bioinformática) hay muchos ejemplos de lectura de archivos en formato FASTA.

Por ejemplo: Cómo realizar un intérprete de un FASTA

Míralos, a ver si alguno de los códigos que hay por ahí te sirven.

¿No tienes hecho nada del programa?

Es en formato FASTA. Al no saber introducir el documento no puedo empezar mi programa.

Soy novata en el programa y tengo dificultad para empezar.

... print $OUTPUT $línea; # vamos guardando el resultado } } close $INPUT; close $OUTPUT; __END__[/perl] Podemos pensar que un archivo fasta es un conjunto de registros, separados con "\n>". Entonces podemos hacer que Perl lea esos registros de forma completa (no líneas, sino ...

Un buen día, explorer. He creado un script para obtener unas secuencias de un archivo fasta. Con el código anterior que me diste solo me saca el encabezado pero no me saca la secuencia. Los datos son estos: [text]>ENST00000415118 havana_ig_gene:known chromosome:GRCh38:14:22438547:22438554:1 ...

explorer, te agradezco mucho.

¿Tienes hecho algo de código? Es un ejercicio muy sencillo.

Incluso se puede resolver desde la línea de comandos: