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Cómo realizar un intérprete de un FASTA

Perl aplicado a la bioinformática

Cómo realizar un intérprete de un FASTA

Notapor Santino » 2013-03-04 10:29 @478

Este es mi primer mensaje, y nada, deciros...¡¡¡ hola!!!

Estoy comenzando en el mundo de la bioinformática y ya empieza a darme quebraderos con el tema de la programación que por mi carrera biológica apenas he visto. La cuestión es que tengo una secuencia FASTA con su cabecera. He aislado la cabecera siguiendo un script que he visto en otro mensaje, el cual ¡¡ha venido muy bien!!

Pero ahora con esta información, ¿cómo puedo interpretar un conjunto de líneas para luego meterla en una base datos?, que esa ya será otra historia...

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using text Syntax Highlighting
>642427638 BgramDRAFT_6745 1557..1832(-)(NZ_ABLD01000069) [Burkholderia graminis C4D1M]
>642427639 BgramDRAFT_6746 1921..2019(-)(NZ_ABLD01000069) [Burkholderia graminis C4D1M]
>642427640 BgramDRAFT_6747 280..846(-)(NZ_ABLD01000070) [Burkholderia graminis C4D1M]
>642427641 BgramDRAFT_6748 851..1948(-)(NZ_ABLD01000070) [Burkholderia graminis C4D1M]
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Re: Cómo realizar un intérprete de un FASTA

Notapor explorer » 2013-03-04 14:06 @629

Bienvenido a los foros de Perl en Español, Santino.

Por este foro de Bioinformática encontrarás muchos ejemplos de lectura de archivos FASTA. Solo tienes que usar el sistema de búsqueda.

Ejemplo: Analizar cabeceras de FASTA (donde también se analiza Burkholderia graminis ;) )
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