Hola, milko.
Yo también he empezado a programar en Perl por "exigencias del guión" jajajá, te recomiendo dos programas para solucionar esos errores de depuración que te están dando fallos.
Yo los uso cada vez que hago cualquier tipo de modificación, para centrarme en si es problema de que lo he escrito mal o de si está mal planteado.
Y estos son: Notepad++ (que eligiendo el lenguaje Perl te lo colorea según sus comandos y el dzsoft perl editor, que este tiene análisis de sintaxis.
Échales un vistazo, en tu problema especifico por si te ayuda pero por lo que sé debes de usar array y haciendo bucles ir lanzando los ftps como bien te han indicado.
¡Un saludo!