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wampaier · Jue Jul 29, 2010 1:12 pm

Hola,
¿Podrían orientarme? Necesito sustituir la letra U por T con Perl, en mi archivo, ignorando la línea que contiene el mayor que, puesto que representa el nombre de mi secuencia. Gracias.

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Usando Coloreado de text

>A97104.7.1522UU :Streptococcaceae;Streptococcus

AGAGUUCGAU CCUGGCUCAG GACGAACGCU GGCGGCGUGC CUAAUACAUG CAAGUAGAAC GCUGAAGACU UUAGCUUGCU

AGAGUUGGAA GAGUUGCGAA CGGGUGAGUA ACGCGUAGGU AACCUGCCUA UUAGUGGGGG AUAACUAUUG GAAACGAUAG

explorer · Jue Jul 29, 2010 1:17 pm

Esta es una de las múltiples formas de hacerlo...

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Usando Coloreado de perl

#!/usr/bin/perl
use 5.010;
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
 
my $fichero = qq(
>A97104.7.1522UU :Streptococcaceae;Streptococcus
AGAGUUCGAU CCUGGCUCAG GACGAACGCU GGCGGCGUGC CUAAUACAUG CAAGUAGAAC GCUGAAGACU UUAGCUUGCU
AGAGUUGGAA GAGUUGCGAA CGGGUGAGUA ACGCGUAGGU AACCUGCCUA UUAGUGGGGG AUAACUAUUG GAAACGAUAG
);
 
for my $linea ( split /\n/, $fichero ) {    # dividimos el fichero en líneas
 
    next if $linea ~~ /^>/;                 # saltamos a la siguiente si la línea comienza por '>'
 
    $linea =~ tr/U/T/;                      # traducción
}
continue {
    say $linea;                             # impresión
}
__END__
 
>A97104.7.1522UU :Streptococcaceae;Streptococcus
AGAGTTCGAT CCTGGCTCAG GACGAACGCT GGCGGCGTGC CTAATACATG CAAGTAGAAC GCTGAAGACT TTAGCTTGCT
AGAGTTGGAA GAGTTGCGAA CGGGTGAGTA ACGCGTAGGT AACCTGCCTA TTAGTGGGGG ATAACTATTG GAAACGATAG

wampaier · Jue Jul 29, 2010 2:35 pm

haaa ok gracias... solo que me marca un error no sera por la version que tengo??? mi version es la 5.8.8 le borre la linea que dice perl 5.10 pero me marca un error... es el siguiente:

syntax error at sustituir_U_T.pl line 30, near "$linea ~"
Execution of sustituir_U_T.pl aborted due to compilation errors (#1)
(F) Probably means you had a syntax error. Common reasons include:

A keyword is misspelled.
A semicolon is missing.
A comma is missing.
An opening or closing parenthesis is missing.
An opening or closing brace is missing.
A closing quote is missing.

Often there will be another error message associated with the syntax
error giving more information. (Sometimes it helps to turn on -w.)
The error message itself often tells you where it was in the line when
it decided to give up. Sometimes the actual error is several tokens
before this, because Perl is good at understanding random input.
Occasionally the line number may be misleading, and once in a blue moon
the only way to figure out what's triggering the error is to call
perl -c repeatedly, chopping away half the program each time to see
if the error went away. Sort of the cybernetic version of S<20
questions>.

Uncaught exception from user code:
syntax error at sustituir_U_T.pl line 30, near "$linea ~"
Execution of sustituir_U_T.pl aborted due to compilation errors.
at sustituir_U_T.pl line 42

explorer · Jue Jul 29, 2010 2:40 pm

Efectivamente, tienes un Perl de hace un montón de años...

Además de quitar el 'use 5.010;' debes cambiar el '~~' por '=~', y cambiar el say() por un print() con un "\n" al final.

Hay que modernizarse

wampaier · Jue Jul 29, 2010 2:49 pm

jajaja

la verdad es que sí, ¿eh?... pero es que es la versión que se va actualizando automáticamente con Centos5 entonces... qué le puedo hacer

oye, otra pregunta... ¿si es un archivo de muchas secuencias puedo poner esta línea?

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Usando Coloreado de perl

open (my $fh, $ARGV[0]) or die "No se puede abrir el archivo\n";

y cambiar la variable

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Usando Coloreado de perl

my $fichero

por

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Usando Coloreado de perl

my $fh

explorer · Jue Jul 29, 2010 3:24 pm

No... no...

$fichero contiene el fichero. Tu $fh es el controlador de fichero con el que te refieres al fichero abierto.

Lo que sí puedes hacer, una vez abierto el fichero, es leerlo todo de golpe a $fichero:

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Usando Coloreado de perl

my $fichero = join '', <$fh>;    # unimos todas las líneas leídas desde <$fh>

wampaier · Vie Jul 30, 2010 8:27 am

¡Aaaahhhh! Ok, ok, gracias... y creo que ya actualizaré mi Perl... porque aún es de la edad primitiva, creo yo... :lol:

¡¡¡¡gracias por la ayuda!!!!

¡¡Saludos!!

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