Yo entiendo un poco su postura: si poseen un servidor físico en donde alojan a muchos clientes, esos clientes suelen compartir los recursos de esa máquina (salvo en el caso de sitios web funcionando sobre servidores virtuales).
Bueno, pues es claro que si alguien quiere instalar algo en una máquina, eso que instala puede afectar al resto de usuarios, incluso tirar la máquina abajo. Y Perl es conocido por ser capaz de hacer eso. Otros lenguajes no tienen tan mala fama.
Una solución siempre pasa entonces por permitir al usuario que se instale lo que quiera en su propio directorio, pero esto no garantiza tampoco que influya en el rendimiento de la máquina. Una forma de evitarlo es ajustando los límites máximos permitidos de consumo de recursos al usuario a nivel de sistema operativo. En Linux, usando el comando ulimit, se arregla bastante el tema. Y si además, se enjaulan todos los procesos del usuario en su directorio (con chroot) pues tenemos entonces un nivel de seguridad altísimo. Lo malo es que un usuario siempre está necesitando de recursos externos a su directorio (programas de correo, programas de la carpeta /bin, etc.). Así que no es tan sencillo.
Hoy en día, la solución más comercial pasa por la
virtualización. Ya que el hardware es cada vez más barato, y más potente, en una sola máquina se meten diez o veinte máquinas virtuales (o más) y con eso das servicio a centenares de usuarios interactivos (correo, ftp) y miles de peticiones sin conexión (web).
Si quieres más protección y seguridad, entonces no te queda más remedio que contratar un
servidor dedicado. Y ahí sí que haces lo que te de la gana.