¡¡Buenas!!
Mirando una vez más... encontré una línea en el fichero de configuración del servidor web: "User nobody" ¬¬
Así que problema en principio resuelto, reinicio el servidor y ahora sí crea los ficheros con el usuario que yo le indico. Únicamente me faltaría saber cómo hacer para poder reiniciar el servidor web desde el CGI que he implementado, pero eso ya es otra historia. Buscaré y si no encuentro nada os incomodaré de nuevo
for ($i=1;$i<=1000;$i++){ print "GRACIAS\n"; }