Foro - Perl en Español

¡Hola! Antemano agradezco su interés por querer ayudarme.
Mi situación es la siguiente:

No tengo mucha experiencia en esto y necesito saber cómo hago para hallar las zonas intergénicas de cada gen dentro un archivo genbank. Por favor, ayuda. Gracias.

Bienvenido a los foros de Perl en español, alexander2714.

Lo tienes comentado en este artículo.

Muchas gracias, explorer. Y espero en un futuro poder seguir contando con sus conocimientos para mi ayuda. Muchísimas gracias.

Mira respecto a ese código que está en el blog, ya intenté por todo lado y por más no he logrado modificar el código, para introducir el archivo genbank. Lo ideal sería una instrucción ARGV o un STDIN para poder introducir el archivo genbank, pero no he podido lograr la modificación. Pido su colaboración. Gracias

Las instrucciones de eso están en las primeras líneas. El primer argumento debe ser el nombre del fichero genbank que deseas procesar.

Fíjate en la línea 15:

Ahí ves que usamos el módulo Bio::SeqIO para leer el fichero indicado en el primer argumento.

Mira, este sería mi código resultante. El nombre de mi archivo es NC_000962.gb.

my $in = new Bio::SeqIO(-file => 'NC_000962.gb', -format => 'Genbank' );

hasta ahí, bien, pero al momento de la salida en un archivo fasta que sería aquí

open(FNA,">$out_intergenic_file")

donde la variable sería el nombre de mi archivo de salida ya lo modifiqué de la siguiente forma

open(FNA,">salida.FASTA");

El programa no da errores al ejecutar pero tampoco me da mi archivo de salida con mis resultados. ¿Qué podría estar haciendo mal?

¡Gracias!

Pues si no da errores es un mal asunto, porque no sabemos por qué falla.

Prueba a poner print() entre medias de las líneas, para saber por dónde va el programa, y saca los valores de alguna variable, para que veas si lo está haciendo bien o mal.

Ya arreglé eso. Era un error dentro de un bucle que estaba como infinito y el llamado de la subrutina.

Y no sé de pronto con entre sus conocimientos ¿sabe cómo yo puedo hacer para extraer el nombre de cada gen de un genbank e imprimirlo antes de la zona intergénica? Gracias.

Creo recordar que era con la función read_all_sequences, con lo que obtienes una lista de genes, todos en formato objeto Bio::Seq, del que puedes obtener luego la descripción, con el método desc().

Pero no estoy seguro, es posible que también fuera el método display_id().