Página 1 de 1

Mandar secuencias con WWW::Mechanize

NotaPublicado: 2012-06-25 09:14 @426
por JoelLopez
¡Hola a todos!

Mi intención es predecir motivos de sumolización de varias proteínas de forma automatizada.
Para ello estoy intentando hacer un script en Perl que mande un conjunto de secuencias en formato FASTA al servidor seeSUMO utilizando el módulo de WWW::Mechanize.

Pretendo conseguir el código HTML de la página de salida para poder recuperar la información de las predicciones.

Ahora mismo estoy un poco perdido, si alguien me puede ayudar.

¡Muchas gracias!

http://bioinfo.ggc.org/seesumo

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. use WWW::Mechanize;
  2. use strict;
  3.  
  4. my $name = 'seq';
  5. my $value => '>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]\n
  6. LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV\n
  7. EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG\n
  8. LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL\n
  9. GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX\n
  10. IENY\n';
  11.  
  12. my $mech = WWW::Mechanize->new();
  13. my $url  = 'http://bioinfo.ggc.org/seesumo/main.html';
  14. $mech->get($url);
  15. die "Can't even get the home page: ", $mech->response->status_line
  16.     unless $mech->success;
  17.  
  18. $mech->form_name("");
  19. $mech->field( $name, $value );
  20.  
  21. $mech->click_button( name => 'submit' );
  22. print $mech->content();
  23.  
Coloreado en 0.006 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

Re: Mandar secuencias con WWW::Mechanize

NotaPublicado: 2012-06-25 09:48 @450
por explorer
Bienvenido a los foros de Perl en Español, JoelLopez.

El código tiene varios problemas... (que yo haya visto de forma rápida):

  • línea 5: usa '=>', cuando debería ser '='. Y además, usa comillas simples, cuando deberían ser dobles: no creo que quieras meter '\n' como integrantes literales de la secuencia
  • línea 15: creo que debería ser un '.' en lugar de ','
  • línea 18: creo que sería mejor indicar el número de formulario dentro de la página, en lugar de su nombre (ya que no tiene)