Foro - Perl en Español

Publicado: **2012-09-09 09:34 @440**

Quiero que por favor alguien me ayude diciéndome si Perl es capaz de leer archivos en .phd y si es el caso cómo lo hago.

Mi trabajo consiste en ingresar una secuencia "de calidad" en Perl, que el archivo de salida sea en formato fasta.

gracias.

Publicado: **2012-09-09 12:05 @545**

Bienvenida a los foros de Perl en Español, Pepita Perez.

Habría que empezar por el principio: ¿cuál es el formato de los archivos phd?

Una forma de hacerlo es con BioPerl:

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Using perl Syntax Highlighting

    use Bio::SeqIO;
 
    $in  = Bio::SeqIO->newFh(-file => "fichero.phd" , '-format' => 'phd');
    $out = Bio::SeqIO->newFh('-format' => 'Fasta');
 
    # Conversor
    print $out $_ while <$in>;
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Publicado: **2012-09-09 12:10 @548**

En mi computador aparecen de texto. Gracias

Publicado: **2012-09-09 16:22 @723**

Gracias

Publicado: **2012-09-09 18:21 @806**

Sin ver los archivos de ejemplo y el código, es muy difícil responder...

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Leer archivos phd

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