Características químicas de una secuencia de aminoácidos
Publicado: 2013-05-17 14:09 @631Hola, qué tal a todos, quisiera saber si existe un script en Perl o me puedan ayudar a diseñar un script que me pueda describir en una secuencia de aminoácidos las características propias de cada aminoácidos, es decir, nosotros sabemos, básicamente, que los aminoácidos se agrupan de la siguiente forma:
Grupo Hidrofóbico = (H)
Polar = (P)
Carga+ = (+)
Carga- = (-)
Supongamos que tenemos un archivo fasta: input:AA_1.fasta
>AA_1
MTRDETHPFV
Y deseamos que la representación del contenido sea de la siguiente forma:
MTRDETHPFV --> H/P/+/-/-/(H/P)/(H/+)/H/H/H
De esa forma estoy describiendo en base a sus propiedades químicas las características de esa secuencia.
Existen otras características pero lo más básico es lo que les acabo de comentar líneas arriba.
¡¡¡¡¡Como siempre muy agradecido por la atención prestada!!!!!
¡¡¡¡Saludos a todos y GRACIAS!!!!
Grupo Hidrofóbico = (H)
Polar = (P)
Carga+ = (+)
Carga- = (-)
Supongamos que tenemos un archivo fasta: input:AA_1.fasta
>AA_1
MTRDETHPFV
Y deseamos que la representación del contenido sea de la siguiente forma:
MTRDETHPFV --> H/P/+/-/-/(H/P)/(H/+)/H/H/H
De esa forma estoy describiendo en base a sus propiedades químicas las características de esa secuencia.
Existen otras características pero lo más básico es lo que les acabo de comentar líneas arriba.
¡¡¡¡¡Como siempre muy agradecido por la atención prestada!!!!!
¡¡¡¡Saludos a todos y GRACIAS!!!!