bioinfo: Cortar secuencias desde un fichero GFF y un FASTA
Publicado: 2021-09-16 15:07 @671
Cortar secuencias desde un fichero GFF y un FASTA del genoma
Hola,
hoy cuento cómo cortar subsecuencias de un genoma correspondientes a elementos anotados en un fichero GFF asociado, que tienen este aspecto, con columnas separadas por tabuladores. A diferencia del formato BED, las coordinadas aquí empiezan a contar en 1:
Artículo
Hola,
hoy cuento cómo cortar subsecuencias de un genoma correspondientes a elementos anotados en un fichero GFF asociado, que tienen este aspecto, con columnas separadas por tabuladores. A diferencia del formato BED, las coordinadas aquí empiezan a contar en 1:
Using text Syntax Highlighting
1 proveedor gene 16399 20144 . + . ID=500;...
1 proveedor mRNA 16399 20144 . + . ID=500-01;Parent=500;...
1 proveedor exon 16399 16976 . + . Parent=500-01;Name=500-01-E1;...
1 proveedor CDS 16599 16976 . + 0 ID=CDS:500-01;Parent=500-01;...
1 proveedor exon 17383 17474 . + . Parent=500-01;Name=O500-01-E2;...
1 proveedor CDS 17383 17474 . + 0 ID=CDS:500-01;Parent=500-01;...
...
1 proveedor mRNA 16399 20144 . + . ID=500-01;Parent=500;...
1 proveedor exon 16399 16976 . + . Parent=500-01;Name=500-01-E1;...
1 proveedor CDS 16599 16976 . + 0 ID=CDS:500-01;Parent=500-01;...
1 proveedor exon 17383 17474 . + . Parent=500-01;Name=O500-01-E2;...
1 proveedor CDS 17383 17474 . + 0 ID=CDS:500-01;Parent=500-01;...
...
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
Artículo