Foro - Perl en Español

por **maryela** » 2011-05-20 11:53 @537

Hola,

tengo un problema con extraer los CDS de un formato genbank con lenguaje BioPerl e imprimirlos en un archivo fasta con el formato “>lcl|protein_id|gene” para el campo display_id y “location product” para el campo desc, obteniendo los datos de los tags respectivos.

Aquí encontré un programa que lo hace pero está en Perl y tengo que hacerlo en BioPerl. Ojalá me puedan ayudar en esto...

Mil gracias.

Hola.

Me gustaría acotar un par de cosas.

Primero, veo que tienes una mezcla de conceptos enorme. BioPerl no es un lenguaje, es un conjunto de módulos (librerías, bibliotecas, etc) hechos para facilitar la creación de programas útiles en Bioinformática. Más información aquí.

Segundo, creo que deberías explicar de mejor manera el problema que quieres resolver, poniendo ejemplos con datos reales y el formato del archivo, entre otras cosas. Mi opinión es que a priori estás asumiendo que entendemos lo que nos preguntas y en mi caso, por lo menos, no es así. Pareciera que te remites a copiar y pegar el enunciado de tu tarea.

En fin, quizás este link te sirva.

Saludos.

PD: Espero no te tomes mal los comentarios y los veas como una crítica constructiva.

por **explorer** » 2011-05-21 09:08 @422

Con el módulo Bio::SeqIO se pueden realizar conversiones entre formatos de ficheros.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
use Bio::SeqIO;
 
my $in = Bio::SeqIO->new(
    -format => "genbank",
    -file   => "original.gbk",
);
my $out = Bio::SeqIO->new(
    -format => "fasta",
    -file   => "copia.fas",
);
 
while (my $seq = $in->next_seq()) {
    $out->write_seq($seq);
}
Coloreado en 0.008 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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