• Publicidad

A partir del .gbk escribir la secuencia traducida a aminoác

Perl aplicado a la bioinformática

A partir del .gbk escribir la secuencia traducida a aminoác

Notapor maryela » 2011-05-20 11:53 @537

Hola,

tengo un problema con extraer los CDS de un formato genbank con lenguaje BioPerl e imprimirlos en un archivo fasta con el formato “>lcl|protein_id|gene” para el campo display_id y “location product” para el campo desc, obteniendo los datos de los tags respectivos.

Aquí encontré un programa que lo hace pero está en Perl y tengo que hacerlo en BioPerl. Ojalá me puedan ayudar en esto...

Mil gracias.
maryela
Perlero nuevo
Perlero nuevo
 
Mensajes: 3
Registrado: 2011-05-18 13:11 @591

Publicidad

Re: A partir del .gbk escribir la secuencia traducida a aminoác

Notapor ileiva » 2011-05-21 02:27 @143

Hola.

Me gustaría acotar un par de cosas.

Primero, veo que tienes una mezcla de conceptos enorme. BioPerl no es un lenguaje, es un conjunto de módulos (librerías, bibliotecas, etc) hechos para facilitar la creación de programas útiles en Bioinformática. Más información aquí.

Segundo, creo que deberías explicar de mejor manera el problema que quieres resolver, poniendo ejemplos con datos reales y el formato del archivo, entre otras cosas. Mi opinión es que a priori estás asumiendo que entendemos lo que nos preguntas y en mi caso, por lo menos, no es así. Pareciera que te remites a copiar y pegar el enunciado de tu tarea.

En fin, quizás este link te sirva.

Saludos.

PD: Espero no te tomes mal los comentarios y los veas como una crítica constructiva.
Avatar de Usuario
ileiva
Perlero nuevo
Perlero nuevo
 
Mensajes: 30
Registrado: 2011-04-23 03:25 @184
Ubicación: Santiago, Chile

Re: A partir del .gbk escribir la secuencia traducida a aminoác

Notapor explorer » 2011-05-21 09:08 @422

Con el módulo Bio::SeqIO se pueden realizar conversiones entre formatos de ficheros.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;
  4.  
  5. use Bio::SeqIO;
  6.  
  7. my $in = Bio::SeqIO->new(
  8.     -format => "genbank",
  9.     -file   => "original.gbk",
  10. );
  11. my $out = Bio::SeqIO->new(
  12.     -format => "fasta",
  13.     -file   => "copia.fas",
  14. );
  15.  
  16. while (my $seq = $in->next_seq()) {
  17.     $out->write_seq($seq);
  18. }
Coloreado en 0.003 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
JF^D Perl programming & Raku programming. Grupo en Telegram: https://t.me/Perl_ES
Avatar de Usuario
explorer
Administrador
Administrador
 
Mensajes: 14476
Registrado: 2005-07-24 18:12 @800
Ubicación: Valladolid, España


Volver a Bioinformática

¿Quién está conectado?

Usuarios navegando por este Foro: No hay usuarios registrados visitando el Foro y 4 invitados