El mensaje sale porque tienes configurado TWiki para que autentifique a los usuarios, y el método para hacerlo es mediante la configuración del Apache. Es la opción TWiki::LoginManager::ApacheLogin, distinta de la TemplateLogin.
Entonces, en el archivo httpd.conf o apache2.conf, o dentro del .htaccess, o dentro de la definición del dominio virtual en donde estés, aparece algo como esto:
Using text Syntax Highlighting
<FilesMatch "(attach|edit|manage|rename|save|upload|mail|logon|rest|.*auth).*">
require valid-user
</FilesMatch>
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GeSHi 1.0.8.4
La opción 'valid-user' es la que hace sacar la caja de diálogo que valida al usuario.
En la sección
Enable Authentication of Users te explican todo esto. Lee el último párrafo, donde te pide que compruebes que esas líneas deben estar descomentadas.
Lo que no sé es si tiene alguna forma de generar el archivo .htpasswd por sí mismo. En otras aplicaciones, yo tendría que ir al directorio en cuestión y ejecutar el comando
htpasswd -c para crear el archivo. Seguro que el TWiki sí que lo hace por sí solo, e incluso lo mantiene (añade y borra usuarios).
La definición de qué archivo se trata estará dentro de un <Directory>, quizás en el mismo archivo que el <FilesMatch>.
Using text Syntax Highlighting
AuthUserFile /var/www/twiki/data/.htpasswd
AuthName 'Enter your WikiName: (First name and last name, no space, no dots, capitalized, e.g. JohnSmith)'
AuthType Basic
Coloreado en 0.000 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4