Yo, en NetBeans, hice un par de aplicaciones en Java, nada más. Y no eran aplicaciones de escritorio, sino servicios web, así que no puedo ayudarte mucho, por esa parte.
Lo primero que tienes que decidir es con qué lenguaje vas a desarrollar el proyecto, ya que NetBeans está orientado principalmente para Java, pero con los complementos adecuados, se puede programar en distintos lenguajes (Perl incluido). Solo tienes que usar Google para localizarlos (generalmente, están dentro del sitio web oficial de NetBeans).
El realizar el entorno gráfico con un IDE, es una parte del proyecto. Necesitas que el aspecto gráfico esté en un formato que luego, con la biblioteca adecuada, pueda ser leído por tu programa (escrito en tu lenguaje preferido).
La solución que te he dado antes, lo que hace es abrir una shell del sistema, donde va a ejecutar un script Perl, lanzando el intérprete 'perl' al que se le pasa como parámetro el script a ejecutar. Si el programa no funciona es porque no sabe la ruta hacia el intérprete perl y/o la ruta hacia el script Abrir.pl. Pero eso es fácil de solventar: indica la ruta absoluta (o relativa).